净化空调系统的加热主要可分为空调箱内的空气一次加热（或称为预热）、空气二次加热（也称作再热）和设在风管上的电加热。就空调加热的热源常用的主要有蒸汽、热水和电加热。

系统中的一次加热多用在寒冷的北方（黄河以北）冬季作为预热用，一方面防止塞外寒冷空气进入空调箱后冻坏其他空调加配件， 另一方面防止新风和回风混合时产生雾气和结露。一次加热的热媒以蒸汽为好，如果采用热水做为热媒时要防止预热器本身被冻坏。

系统中的二次加热是洁净厂房内温度调节和湿度控制所必要的， 二次加热的热媒主要是热水，因为热水作为热媒时调节方便，控制的精度高。一般温度精度要求≤±1℃时，应该用热水做热媒。当温度控制要求不严格或无精度要求时也可以用蒸汽做热媒。

当厂房温度控制精度要求很高（例如<±0.5℃）单用二次加热控制精度难以达到时可在风管上加设微调精控的电加热器， 采用电加热器时要注意采取必要的安全保护措施，一方面电加热器要接地，要有无风断电的保护，另一广面在电加热器前后一米的风管必须采用不燃的保温材料保温（例如岩棉或玻璃棉）。
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