毛尔盖电站生态机组位于四川省阿坝州黑水县境内，地处黑水河左岸毛尔盖电站大坝下游800m河段上。生态机组拟接1#支洞放水，在1#施工支洞内安装压力管道作为引水，压力管道由平管段（施工支洞内）和斜管段（明管）组成，压力管道总长约450 m，最大水头133.68m，发电引用流量5.2m3/s，装机容量6.0MW，生态机组属小(2)型水电站。厂址位于1#支洞下游黑水河左岸边台地处。生态机组厂址距黑水县城约25Km，通往压力管道平管段和厂区均有简易公路相通，距省道主干线也仅有200余米，交通十分方便。

生态机组位于青藏高原向四川盆地的过渡地带，属长江流域岷江水系上游隆起区。山势巍峨，沟谷深切，地势西北高，南东低，海拔高程一般2500~5000m，相对高差1000~2000m，属深切的高山地貌。区内南北向的邛崃山脉是岷江、大渡河两大水系的分水岭，其西为大渡河水系，东为岷江水系，黑水河属岷江上游的一级支流，发源于鹧鸪山东南麓，由西北向东南径流，受区域整体抬升影响，黑水河流域内支沟较为发育，干流及支流河谷多表现为强烈下切呈“V”型谷。
区内出露基岩为寒武系至三叠系地层。寒武系、奥陶系、石炭系和二叠系下统属浅海相碳酸盐岩、泥页岩建造，二叠系上统为玄武岩建造，志留系、泥盆系、三叠系属滨海相砂页岩建造。三叠纪末的印支运动使地槽褶皱回返，导致区内地层遭受区域性浅变质和不同程度的岩浆侵入。与工程区关系密切的基岩地层主要有泥盆系危关群(Dwg)、石炭系、二叠系以及三叠系浅变质的长石石英砂岩、板岩、千枚岩，印支末期侵入的花岗岩及花岗闪长岩体，区内第四系地层分布较为广泛，成因类型复杂，厚度和结构特征变化大。