中央一号文件在水利体制机制上有新突破。陈雷介绍说，针对水利又好又快发展的深层次制约，中央一号文件重点强调了4方面的体制机制创新：

　　在完善水资源管理体制方面，提出要强化城乡水资源统一管理，完善流域管理与区域管理相结合的水资源管理制度，进一步完善水资源保护和水污染防治协调机制。

　　在水利工程建设和管理体制改革方面，提出要落实好公益性、准公益性水管单位基本支出和维修养护经费，落实小型水利工程管护主体和责任，健全良性运行机制。

　　在健全基层水利服务体系方面，提出要健全基层水利服务机构，按规定核定人员编制，经费纳入县级财政预算。

　　在水价改革方面，提出要逐步实行工业和服务业用水超额累进加价制度，稳步推行城市居民生活用水阶梯式水价制度，探索实行农民定额内用水享受优惠水价、超定额用水累进加价的办法。

　　这些体制机制创新的思路来源于实践。近些年来，各地纷纷探索农村水利发展新机制。以调动农民投资投劳兴修水利为例，上世纪80年代，中央出台劳动积累工和劳动义务工政策以后，全国每年用于水利的“两工”达75亿个工日，如果现在以每个工日20元计，折成经费总额达1500亿元，对弥补我国农村水利投入长期欠账的局面起到了重要作用。新世纪之初，“两工”制度取消，给农村水利体制改革增加压力的同时也增加了动力，各地都在探索建立新的机制，江西的办法是“一事一议”，河南搞了“人大议定制”。“一事一议”充分尊重农民的意愿，在农村水利建设上合理地让农民出资出力;“人大议定制”就是引导鼓励社会资金办水利，民主决策兴水利，解决小资金、小力量无法办到的事情。对此，农民普遍表示，宁愿苦干，不愿苦熬。

　　中央一号文件提出，要落实小型水利工程管护主体和责任。各地的实践表明，必须明晰小农水工程产权，让农民拥有小农水工程的产权，农民管理维护农田水利设施才会有积极性和主动性。农民用水户协会的成立，顺应了农村用水改革的趋势。自1996年湖北漳河灌区成立第一个农民用水户协会以来，各地相继成立了农民用水户协会，将小农水工程的产权梳理得十分清楚。农民用水户协会推行自主管理、市场运作的长效管理机制，很多用水户协会按照“配水到户、核算到亩、按方收费”的原则收取水费，农民尝到了节本增收的甜头。从全国情况看，农村用水改革深受广大农民的拥护。

　　“中央一号文件提出的在水利体制机制改革方面的重大举措，是对各地水利实践探索的总结升华，是对过去水利扶持政策的集成发展，是对水利发展体制机制的完善创新，针对性强，覆盖面广，含金量高。”陈雷强调，“我们要深刻领会、准确把握，抓紧实化细化政策，加大政策落实力度，充分发挥政策效力。”