直接培养法培养颗粒污泥时通常使用非颗粒性的污泥，虽然厌氧处理工艺的大多数菌种要求严格的厌氧条件，但在培养启动时不必追求严格的厌氧。因此直接培养时即可以使用非颗粒性的纯厌氧污泥，也可以使用经过陈化好的好氧污泥，如果有搅拌设施，还可以投入未经消化的脱水污泥。即使引入的污泥中含有一定量的溶解氧，只要不再补充氧，反应器内的溶解氧也会很快的被除接种泥中的兼性菌消耗而最终形成严格的厌氧条件。其它的注意事项如下：
1、最好一次投加足够量的接种厌氧污泥，一般接种厌氧污泥投加量为40~60kg/m3，同时进水中要补充足够的营养盐，必要时还要添加硫、钙、钴、钼、镍等微量元素。
2、为使颗粒污泥尽快形成，开始进水时COD尝试不宜过高，一般要低于5000mg/l，可采取加大回流比的方法，使进水负荷按污泥负荷计应低于0.1~0.2kgCOD/(kgMLSS.d)。同时，要将反应器内温度严格控制在35~40oC，或50~55度之间，必要时将进水采蒸气加热。PH值应保持在7~7.2，进水碱度一般不低于750mg/l。
3、出现小颗粒污泥后，为使小颗粒污泥发展为大颗粒污泥，要适当提高反应器表面水力负荷，将絮状污泥和分散的细小颗粒污泥从反应器中“洗出”，但是一定要使“洗出”缓慢进行、渐渐提高水力负荷，过度的“洗出”会使反应器内污泥量大量减少而使颗粒污泥培养失败。有关试验表明，当表水力负荷在0.25m3/m2.h以上时，会使污泥产生水力分级现像。
4、在培养初期，出水中会夹带着一些污泥絮片，反应器内污泥有所降低，在颗粒污泥尚未形成之前，即使反应器内具有一定去除率真，但由于污泥流失量大于生物增长量，反应器内污泥还会继续下降。颗粒污泥形成后，随着容积负荷的不断加大，增殖的生物量才会大于污泥流失量，反应器内的污泥尝试开始增加。因此，培养初期污泥流失造成的污泥浓度下降是正常现像，因培养时间较长，要有耐心，注意观察和分析有关化验数据。
5、培养不能长期在低负荷下运行，当出水水质较好，COD去除率较高后，应渐渐提高负荷，但不能突然提高负荷，以防止造成冲击，对污泥颗粒化不利。当颗粒污泥出现后，应当在适宜的负荷下稳定运行一会时间，以便培养出沉降性能良好的和产甲烷菌活性很高的颗粒污泥。一般情况下，高温55度运行约100d,中温35度约160天，颗粒污泥才能培养完成，低温20度需要运行200d 以上才有可能培养完成。
6、培养过程中应控制消化池内的VFA的浓度1000mg/l以下，如果废水中原有的和在厌氧池厌氧发酵过程中产生的各种挥发性有机酸浓度较高时，不能再提高进水的有机负荷。