以前看到过类似问题，在输pkpm时，我觉得井子梁应该按次梁输，那样相交的次梁在节点不断开，那样变形才符合实际，若按主梁输，虽然截面一样，但在节点处断开了，变形不符合实际，因为此时梁被划分一段段，在集合成整体时，那样的话，只在节点处变形是协调的，而一段梁跨内的变形是不符合实际。而如果按次梁输，则按一条整梁作为一个单元，然后相互相交，相交处变形协调，一段梁跨内变形不是单独，而是整梁变形的一部分。
还有，井子梁与主梁相交处按铰支处理。以上是结合自己的知识，主要是参考了论坛上大侠们的帖子写的，为什么要做铰支处理也没想出原理，希望大虾解释

我认为没什么特殊情况井字梁还是要按照主梁输入，一般的单格柱网布井字梁没什么，都是边梁支撑，如果再大跨，出现井字梁搭在框架柱的情况，应该调整梁格，尽量避免井字梁搭在柱上，搭在柱上的井字梁软件会按照框梁考虑，会把整体井字梁按照大小井字梁考虑。
另外就是边梁应该加强，加宽，看具体井字梁的跨度，一般大跨井字梁都会出现边梁抗扭不过的情况，当然，在合适的尺寸范围内如果抗扭能过的话当然好，但是如果实在调整不过的话就只有点铰接啦，但计算结果出来绘图时一定要把铰接的地方构造筋加够。具体一些井字梁的尺寸要求什么的在网上都可以查的到。
这是我做了两个井字梁之后总结的一点经验，希望高手指正