楼主的设计非常先进，值得研究。
如果我来设计，我比较落后，通常会基于两种设想：
1、底板和墩墙连成整体，桩位于底板下（可能会有部分在墩下）。按倒置梁法、桩处集中地基反力计算配筋（含底板抗弯、抗剪及桩对底板的冲剪）。
2、桩全部位于墩墙下，底板和墩墙分离，底板按构造配筋。
3m×3m的水闸要是我来做，一定会选1方案。楼主的方案更为先进。不过楼主的这种结构该怎么配筋呢？墩下形不成群桩，桩下的沉降（如果不是嵌岩桩的话）会不会造成底板受剪呢？真的很难考虑。

很好。来顶一下。

请问各位大侠，如果闸墩下沉，闸墩间的闸底板也能跟着下沉，因为底下是5m的淤泥层，然后闸墩间的底板按淤泥的地基反力45kn/m2荷载，以闸墩为支座的倒置梁进行计算配钢筋呢，不知这么考虑妥否。

如果只有45KPa的地基反力的话，我看可以不需要桩基。
我不知道楼主的这个45KPa是不是指的是地基允许承载力？地基允许承载和地基极限承载力差别还是比较大，极限承载力的取值和沉降是密切相关的。

呵呵，是承载力特征值45KPa，考虑2倍的安全系数，取极限承载力90kpa，闸墩支座间的底板计算长度取4m，考虑简支了，跨中弯矩：1/8*90*4*4=180km*m，我底板厚度取0.7m，用morgain算配筋是按构造配的底板，我配双层双向18@200的，你觉得够吗？

双层双向18@200很够意思了。3m×3m水闸其实只是个小闸，要是墩墙不是特别高的话，我估计你的荷载平摊到底板上都不到90KPa了。是不是涵洞式的闸（类似穿堤箱涵或圆涵）？

配筋结合的是承载力，你的水头有多高，水流量是多少，墩厚多少，混凝土级别是多少？