活性污泥中出现的微型动物的数量，往往和污水处理系统的运转情况有着直接或间接的关系，进水水质的变化、充氧量的变化等都可以引起活性污泥组成的变化，微型动物体积比细菌要大很多，比较容易观察和发现其微型动物的变化，因而可以作为污水处理的指示生物，在一些特殊情况发生时（如水质突变、污泥中毒等），即可根据生物相的变化，及时发现问题并采取必要的措施。

生物是由低等向高等演化的，低等生物对环境适应性强，对环境因素的改变不甚敏感。较高等生物则相反，例如钟虫对溶解氧和毒物特别敏感。所以，水体中的排污口、废水生物处理的初期或推流系统的进水处，生长大量的细菌，其他微生物很少或不出现。着污（废）水净化和水体自净程度增高，相应出现许多较高级的微生物。

原生动物及微型后生动物出现的先后次序是：细菌 →植物性鞭毛虫→肉足类（变形虫）→动物性鞭毛虫→游泳型纤毛虫、吸管虫→固着型纤毛虫→轮虫。

原生动物及微型后生动物的指示作用表现为以下三点。

一 、 可根据上述原生动物和微型后生动物的演替，根据它们的活动规律判断水质和污（废）水处理程度。还可判断活性污泥培养成熟程度。  

二、根据原生动物种类判断活性污泥和处理水质的好坏。  

如固着型纤毛虫的钟虫属、累枝虫属、盖纤虫属、聚缩虫属、独缩虫属、楯纤虫属、吸管虫属、漫游虫属、内管虫属、轮虫等出现，说明活性污泥正常，出水水质好。当豆形虫属、草履虫属、四膜虫属、屋滴虫属、眼虫属等出现。说明活性污泥结构松散，出水水质差。线虫出现则说明缺氧。

三、根据原生动物遇恶劣环境改变个体形态及变化过程判断进水水质变化和运行中出现的问题。  

在污水（废）水生物处理正常运行时，常常由于进水流量，有机物浓度、溶解氧、温度、 pH、毒物等的突然变化影响了正常的处理效果，使出水水质达不到排放标准。通过水质测定可以知道水质的变化，但有机物浓度和有毒物质等的测定时间较长故经常测定不易做到。而微生物镜检很简便，随时可了解到原生动物种类变化和相对数量消长情况。根据原生动物消长的规律性初步判断污（废）水净化程度，或根据原生动物的个体形态、生长状况的变化预报进水水质和运行条件正常与否。

以钟虫为例：当环境条件恶劣时，钟虫则由正常虫体向胞囊演变的一系列变态变化。钟虫的尾柄先脱落，随后虫体后端长出次生纤毛环呈游泳生活状态（通常叫游泳钟虫），或虫体变形，甚至呈长圆柱形，前端闭锁，纤毛环缩到体内，依靠次生纤毛环向着相反方向游泳，如果废水水质不加以改善，虫体将会越变越长，最后变成胞囊，甚至死亡。如果废水水质改善，虫体可恢复原状，恢复活性。

当曝气不足时， 钟虫不活跃，伸缩泡处于舒张状态，不收缩，不活动； 而 卵尾波虫占优势，有豆形虫、屋滴虫、变形虫 。

着生的缘毛目多时，处理效果良好，出水 BOD5和浊度低。(如小口钟虫、八钟虫、沟钟虫、褶钟虫、瓶累枝虫、微盘盖虫、独缩虫)这些缘毛目的种类都固定在絮状物上，并随窗之而翻动，其中还夹杂一些爬行的 栖纤虫、游仆虫、尖毛虫、卑气管叶虫等，这说明优质而成熟的活性污泥。 

     小口钟虫在生活污水和工业废水处理很好时往往就是优势菌种。  
     如果大量鞭毛虫出现，而着生的缘毛目很少时，表明净化作用较差。  
     大量的自由游泳的纤毛虫出现，指示净化作用不太好，出水浊度上升。  
     如出现主要有柄纤毛虫，如钟虫、累枝虫、盖虫、轮虫、寡毛类时，则水质澄清良好，出水清澈透明，酚类去除率在 90%以上。  
     根足虫的大量出现，往往是污泥中毒的表现。  
     如在生活污水处理中，累枝虫的大量出现，则是污泥膨胀、解絮的征兆。  
     而在印染废水中，累枝虫则作为污泥正常或改善的指示生物。  
     在石油废水处理中钟虫出现是理想的效果。  
     过量的轮虫出现，则是污泥要膨胀的预兆。
     另在一些对原生动物不宜生长的污泥中，主要看菌胶团的大小用数量来判断处理效果。