实践中，当出现上述情况且在发承包双方无法达成一致意见时，首先应根据招投标情况和施工履约（主要是进度款的申请和批复）行为确定发承包双方的真实意思表示，再从二类计价方法中选择其中一类作为结算方法。而对于法定必须招标项目，因法律不保护违法行为，故应注意招投标和施工履约行为是否违反了法律法规的相关规定。
实践中，当出现上述情况且在发承包双方无法达成一致意见时，首先应根据招投标情况和施工履约（主要是进度款的申请和批复）行为确定发承包双方的真实意思表示，再从二类计价方法中选择其中一类作为结算方法。而对于法定必须招标项目，因法律不保护违法行为，故应注意招投标和施工履约行为是否违反了法律法规的相关规定。
在通过上述方法无法查明发承包双方的真实意思时，对于招标项目，因《招标文件》是由发包人单方拟定（注：很多项目施工合同也是发包人拟定），可参照《民法典》第四百九十八条“对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释”，从而确定唯一的计价方法。
某新建燃机发电厂项目，在招标时尚未出具施工图纸。《招标文件》规定“本标段的工程量是招标方在工程初步设计基础上提出的，本工程采用初步设计图纸招标，招标方所提供的工程量清单仅供投标方参考，投标方根据自身承担同类机组的经验和实践自行核定工程的分项子目及工程量，充分考虑投标工程量可能与最终按施工图施工的实际工程量存在差距的风险。投标方在投标时，对招标文件中工程量清单的项目和工程量不得作任何调整。…”在投标时，某承包人按照招标工程量清单投标报价，经发包人评标后中标。后发包人在施工过程中陆续出具施工图纸，经核实，初步设计与施工图纸相差2000余万元，发包人拒绝承包人的调价申请，双方为此发生争议。
如前第一段所述，在处理此类争议时，首先应查明承包人的投标报价是对招标图纸（初步设计）还是对《招标工程量清单》的实质性响应。根据《招标文件》中规定的“投标方在投标时，对招标文件中工程量清单的项目和工程量不得作任何调整”以及承包人《投标文件》按照招标工程量清单投标来看，采用“招标工程量清单”招投标是发承包双方的真实意思表示，故本案应按照投标报价作为计价依据。
另，因该项目在招标时没有施工图纸，故“招标工程量清单”中的缺陷（没有项目特征描述或描述不符、工程量偏差、清单缺漏项），应按照法律规定的“过错责任”由发包人承担不利后果。对此，《2013建设工程工程量清单计价规范》强制性条文第4.1.2条就是明确规定“招标工程量清单必须作为招标文件的组成部分，其准确性和完整性应当由招标人负责。”该条要点说明显示“本条保留为强制性条文。招标人对编制的工程量清单的准确性和完整性负责。投标人依据工程量清单进行投标报价，对工程量清单不负有核实的义务，更不具有修改和调整的权力。”故对于招标工程量清单缺陷，在结算时，可按照2013版《建设工程工程量清单计价规范》第九章的相关规定对合同单价作出调整。
另需要特别说明的是，在施工承包模式下，以初步设计文件招标的项目无法成立总价合同。通俗理由是任何承包人在投标时都无法准确计算工程量以及知悉施工材料规格品牌等与总价相对应的实质性内容。对此，我国建设行政主管部门发布的相关文件已有明确规定。例如：2013版《建设工程工程量清单计价规范》第7.1.3条“…建设规范较小，技术难度较低，工期较短，且施工图设计已审查批准的建设工程可采用总价。…”从该条规定可以看出，“施工图设计已经审查批准”是指合同总价对应的具体范围（工程量）、质量标准等与价款相对应的实质性内容都已明确，而“建设规模较小、技术难度较低、工期较短”则可以理解为此类项目一般难以发生“情势变更”从而调整价款的情况。
