当前，基层河湖长制的运行机制主要参考省级河湖长制运行机制落实，具体包括2方面的内容:一是建立由县(区、市)、乡镇、村三级组织组成的河湖长体系，其中，在县(区、市)级行政区划，一般由当地党政主要领导担任总河湖长，同级党政分管领导分别担任相应的河湖长(部分地区将同级人大、政协领导也列入河湖长范畴)，河长是河湖治理和保护的第一责任人。二是县级及以上行政区域设置河湖长制办公室。负责统筹协调本级河湖长制工作。需要注意的是，在工作实践中，基层一般会成立河湖长制工作领导小组，领导本行政区域内的河湖长制工作。从全国范围来看，基层县(区、市)级河湖长制办公室(下称河长办)的设置总体上分为3类:一是以浙江省为代表的基层河长办设在县(区、市)政府，办公室主任由县(区、市)政府分管领导担任。二是以四川省为代表的县(区、市)分别设置总河长办、河湖长制办公室，办公室主任由县(区、市)政府分管水利工作的领导担任。三是以江苏省为代表的基层河长办设在县(区、市)水利或水务部门，办公室主任由水利或水务部门主要领导担任。

基层河湖长制运行机制主要包括4个环节:发现问题、反馈问题、解决问题、激励与问责。发现问题主要有各级河湖长巡河、第三方评估、群众举报等3种方式。其中，县级河湖长不定期巡河(湖)，乡镇级、村级河湖长需定期频繁巡河(湖);部分市县在河湖长巡河(湖)基础上引入第三方咨询单位，开展专业的系统巡查，排查水环境深层次问题;群众举报是全民参与河湖长制的重要途径，从中央到基层，都设有各种投诉热线、互联网曝光平台、电子邮箱等，鼓励全民发现问题。反馈问题分为对上和对下2种形式，河长办在反馈机制中起着承上启下的关键作用，上级河湖长的指令通过河长办传达至下级河湖长，下级河湖长将难以协调的问题通过河长办上报上级河湖长。其中，反馈机制中的一项重点内容是督办，在近年来开展的黑臭水体治理、“清四乱”等重点水污染防治工作中，以河长令形式的督办反馈机制发挥了重要作用。解决问题主要包括河长专题协调会议、河长办联席会议、河长大会等形式。激励与问责主要包括一票否决、纳入地方干部年度考评体系、保证金制度等方式。

河湖长制全面推行6年多来，全国河湖治理与保护工作成效显著，水生态环境明显改善，基层社会治理也因此向好发展。如广州市白云区充分发挥河长的统筹与监督作用，协调多部门联合开展辖区内白海面涌水环境治理，成功通过国家挂牌督办验收。上海市杨浦区新江湾城街道自2017年推行河湖长制以来，新增属于面积约6万m2，2018—2020年新江湾城水质提升明显。西安市鄠邑区自2017年推行河长制以来，仅用2年不到的时间就使得区内河道水质出现明显好转。广西永福县完成河湖确权划界老大难问题，有效遏制非法排污、违规倾倒垃圾等行为，村民自发制定村规民约、主动对辖区河湖监督管理。浙江省德清县饮用水源地水质稳定达标、全县水域基本无黑臭现象，与此同时，当地水环境的改善使水生态资源转化为乡村振兴的生态资本，促进村民收入持续保持10%左右的年增速。长江中上游的江西、湖南、湖北等6个省级行政区域实施河长制以来，9364名县级河长和44517名乡镇级河长认真履职，2016—2018年年均巡河超过115万人次，使长江流域中上游地区河湖面貌初步改善。

跨界河湖水环境治理与保护是基层河湖长的重难点工作之一。山东省莒南县、陕西省志丹县、云南省勐海县、辽宁省建昌县等多地的河湖长制工作实践表明，在区县、乡镇级行政区域，河湖上下游、左右岸分属不同行政区域的情况经常出现。因不同行政区域对水环境治理目标任务和时限要求不尽相同、上游对下游河段水质影响程度不易量化、不同区县和乡镇的经济发展水平存在差异、跨区域协调难度大等因素，基层河湖长在解决跨界河湖治理与保护问题时合力不够、效果不理想。尤其是跨市、跨省的河流，基层河长协调推进水污染联防联控、水行政执法监督方面工作的难度更大。

基层河长制的履职能力推动河湖长制真正落地的关键所在。但受多种主客观因素影响，基层河长履职能力存在现实困境。一是在河长层面，县(区、市)、乡镇两级河长大多由当地党委、政府、人大、政协四套班子领导兼任，大部分河长因本职行政业务工作繁忙，只能依靠不定期的巡河发现、协调问题。但村级河长则因河湖管理方面的专业知识储备不足、治理经验不够、兼职多条河道的河长等原因，难以完全履职尽责。二是在河长办层面，基层河长办普遍存在专职人员配备不足的问题。如苏州市相城区河道总长49.1公里、水域面积288.6万平方米，河长办仅4名工作人员。部分欠发达地区基层河长办的人员短缺问题更为突出，如福建省安溪县、陕西省和顺县、四川省井研县、山西省河曲县等多为抽调的或身兼多职、人员流动性强、专业水平相对较低。

目前各基层河长制的实施效果主要通过上级河长办对下级河长的考核予以评估。考核过程难免存在客观考核标准不一、考核过程受人为因素影响干扰等问题。如部分地方政府通过行政命令向基层河长传递考核压力，导致下级河长采取“一刀切”的工作方式等问题。部分基层河长考核以水质改善为导向，但水质指标并非短期内通过工程措施即可改善，导致基层河长的履职积极性受到负面影响。有学者调研发现，在基层区、县河长的考核中，不及格的“河长”基本没有，故难以从考核结果中反应真实的实施效果。

河长制是一项长期性的、系统性的复杂工作，涉及流域管理、多部门甚至多行政区的协同配合。因此，需要打破传统的行政区划界限，建立完善上下游协调统筹机制、向上提档一级的一体化河湖长协调机制、跨界河湖长制工作联席会议制度，对跨界河流的治理与保护目标统一规划、统一实施。推动基层河长办从“有名”向“有实”的制度性转变，完善河湖长效管理机制。因地制宜建立完善基层河长制绩效评估体系，评估指标要准确对接上级要求也要兼顾基层实际，要确保落实短期的年度工作任务也要衔接长期治理保护目标。

一是基层河湖长制工作面临人员不足的困境时，应重视应用新技术，不断提升信息化水平。如利用卫星遥感技术协助采集信息后，建立基于地理信息系统的涉水违章建筑巡查系统;在河湖水系复杂的地区探索无人机巡河模式;运用人工智能、大数据技术完善河湖长制数字化工作平台，实现河湖信息化管理，提高基层河湖长工作效率。二是基层河湖长制要善于通过发行专项债券、定向融资、发展河道经济等方式扩展河湖水环境治理与保护的资金渠道，解决财政资金投入不足的问题。

一是加强对乡镇、村级基层河长的培训。应鼓励采取理论专家授课、实际案例分析、河湖长经验交流等多种方式，对基层河长定期开展理论与实践培训，特别要重视对考核不合格、新任河湖长的培训，补齐基层河湖长履职能力短板。二是建立完善基层河湖长制工作标准、河湖长履职的标准化流程等，使河长湖长履职有章可循、责任明晰。三是探索建立民间河长、河道警长等的可行性，通过鼓励辖区内关注河湖保护的社会专业人士参与河湖管理与监督，在提高河湖治理与保护的公众参与程度的同时，也能有效倒逼基层河湖长认真履职。