最高法院认为：

一、关于案涉工程量增加的责任分担问题。广西钢铁公司在《邀请招标文件》中将中交第二航务工程勘察设计院有限公司测绘的图纸作为招标文件之一，要求投标人依据图纸和工程量清单将所涉所有工程费用计入投标总价。广州航道局提交的投标文件中载明，“我方愿意以该报价按上述图纸、合同条款、工程建设标准和工程量清单的条件要求承包防城港钢铁项目陆域形成、护岸工程第二标段的施工、竣工”。双方当事人签订的《施工承包合同》同样将广西钢铁公司提供的图纸作为合同文件，并约定施工方广州航道局应认真按照设计图纸要求施工。根据上述事实，双方当事人就工程内容和合同价格达成协议的前提是图纸数据正确。广西钢铁公司提供的图纸存在偏差，是导致后续工程量增加的原因。原审法院据此认定广西钢铁公司应承担工程量增加的主要责任，并无不当。 广西钢铁公司并无证据证明其所提供的图纸与开工前的地质数据一致，亦无证据证明地质数据因广州航道局施工而发生了变化，因此该公司认为其已提供了施工所必需的所有相关资料并且数据真实准确，缺乏事实依据，不能成立。

广西钢铁公司主张广州航道局可通过现场踏勘等方式对地质数据提出异议，但根据《邀请招标文件》中的规定，现场踏勘仅指投标人对工程现场及周围环境进行踏勘，并未包括对吹填区域地形水深的测量，因此广西钢铁公司主张广州航道局应在踏勘阶段测量地形水深，缺乏合同依据。

二、关于工期延误的问题。广西钢铁公司新提交的《工程监理月报》等文件显示，广州航道局施工存在进度缓慢等情况，但同时文件也说明施工缓慢是由于天气、拆迁、清表施工未能按时完成等原因，结合原审判决查明的工程量增加等相关事实，原审法院认为广州航道局延期交工符合《施工承包合同》中约定工期可以顺延的情形，并无不当。广西钢铁公司主张该新证据足以推翻原判决的申请再审理由不能成立。

三、关于广州航道局是否履行了机械整平土地义务的问题。从广西钢铁公司提交的其与广州航道局之间往来的函件可以看出，双方在整平土地问题上存在分歧，且最后未形成一致意见。但根据原审法院查明的事实，案涉工程已经竣工验收，相关工程交工预验收证书由双方当事人及设计单位、监理单位签字盖章确认，广西钢铁公司也已在施工场地进行了后续施工，应视为广西钢铁公司认可工程的验收结果。广西钢铁公司并未举证证明吹填区域未达到《技术规格书》中的相关验收标准。因此，原判决不予支持广西钢铁公司因广州航道局未履行机械整平土地义务而扣减工程款的主张，具有事实依据，并无不当。

至于广西钢铁公司所述的国家海洋局《填海项目竣工海域使用验收管理办法》，该办法系海洋行政管理部门对填海项目的监管措施。该办法第二条规定：“填海项目竣工海域使用验收（以下简称填海项目竣工验收）是指填海项目竣工后，海洋行政主管部门对海域使用权人实际填海界址和面积、执行国家有关技术标准规范、落实海域使用管理要求等事项进行的全面检查验收。”因此该办法是行政管理部门对海域使用权人的验收规定，并不适用于本案建设单位与施工单位之间的验收程序。

四、关于工程质保金利息起算时间的问题。《中华人民共和国民事诉讼法》第十条规定了两审终审制度，这是我国民事诉讼法的基本原则和基本制度，对于保障当事人诉讼权利的行使和人民法院诉讼活动的进行具有重要意义。如当事人对一审判决不服，应当在法定期限内提起上诉，通过二审程序寻求权利救济。再审审查程序是在特定情形下法律赋予当事人的特殊救济程序，故对当事人通过申请再审启动再审程序的条件亦应严格把握，否则可能导致申请再审权利的滥用，有违民事诉讼两审终审制和诚实信用原则。从本案二审情况和广西钢铁公司提交证据看，广西钢铁公司的上诉理由未涉及质保金利息计算问题。本案二审判决结果为驳回上诉，维持原判，未改变一审判决对各方当事人权利义务的判定，故本院对广西钢铁公司关于质保金利息计算错误的再审申请不予审查。

综上，广西钢铁公司的再审申请理由均不能成立，不符合《中华人民共和国民事诉讼法》第二百条规定的情形。本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零四条第一款，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百九十五条第二款规定，裁定如下：

再审裁判结果

驳回广西钢铁集团有限公司的再审申请。