1. 新疆地下水资源量及开发利用现状
1.1 地下水资源量。
据新疆水资源综合规划成果，新疆地下水年平均总补给量336.6亿m3，其中：降水入渗补给量13.2亿m3；山前侧向补给量31.9亿m3；河道渗漏补给量123.6亿m3；灌区转化补给量168亿m3。
1.2 开发利用现状。
近期地下水可开采量151.9亿m3，中期地下水可开采量111.2亿m3。2005年全疆机电井总数达到51439眼，其中配套机电井数49633眼（地方39096眼、兵团10537眼），年开采量68.45亿m3（地方51.45亿m3、兵团17.00亿m3），继河北、河南、黑龙江、山东、内蒙之后，在全国排名第六。

2. 存在的主要问题
2.1 基础工作薄弱。近几十年来，全疆各地州陆续做了一些水文地质勘察和地下水资源评价工作，但是由于前期工作经费投入少，勘探试验工作薄弱，取得的成果往往不全面、不系统，难以为地下水资源的开发利用提供 科学 准确的依据。原地矿系统仅完成了绿洲区1/20万水文地质普查和山区1/50万水文地质普查。水利厅从1997年开始部署开展了地下水资源开发利用规划工作，到目前为止，已审查通过7个地州、42个县市的地下水资源开发利用规划报告。
2.2 缺乏地表水与地下水的统一规划。以往水资源评价、规划工作中，对地下水资源不够重视，缺乏地表水与地下水的统一规划。一些地区地下水开发利用布局不合理，地下水开采对生态环境产生了负面影响。一些地区地下水开采存在一定程度的盲目性，使得机电井利用效率不高。地下水开发利用没有同农业节水、盐碱地改良很好地结合，地下水开发利用的综合效益难以发挥。
2.3 地下水开发利用不均衡。地下水超采区主要分布在 经济 较发达或水资源紧缺的哈密盆地、吐鲁番盆地、天北经济带、塔城盆地，年超采量17.2亿m3。而塔里木盆地地下水开发利用程度较低，灌区地下水埋深小于3m的面积占44％，土壤盐渍化较为严重。全疆灌区盐碱地面积1919万亩，其中塔里木盆地1175万亩，占全疆盐碱地面积的61％，占南疆耕地面积的45％。现状地下水开采量16亿m3占可开采量的21％，增加地下水开采量即可缓解供需水矛盾又有利于治理土壤盐碱化。
2.4 地下水管理工作薄弱。在实际工作当中，很难执行“两水”统管、统调、统价，尤其是统调、统价方面，很难做到，未能充分发挥地下水的调节作用。重建设轻管理的现象比较普遍。有很多机电井和水源地建成以后，由于疏于管理，配套不全，再加上电力供应不足、运行费用较高、维护费用难以落实等原因，难以达到设计水平。地下水资源管理力度不够。由于机电井的所有权、使用权比较复杂，管理难度较大。没有施行一井一表计量，地下水实际开采量的统计不准确，难以做到对地下水资源的有效管理。
2.5 监测网不健全，缺乏动态监测资料。由于 历史 原因，地下水监测工作一直没有固定经费来源，使得新疆至今没有建立起较为完善的地下水监测站网，个别地区开展的一些零星监测工作也难以维持。新疆现有的监测井多是生产井、报废井或者简易民井，专用监测井很少，符合《地下水监测站建设规范》（sl360-2006）要求的监测井更少。目前，能收集到监测数据的地下水监测312眼。现行地下水监测手段落后，主要是人工监测，监测设备就电线、万用表、卷尺、记录本，不仅耗费大量人力物力，监测质量也难以提高。
2.6 用水结构不合理。农业开采量比重过大，全疆农业、工业、 农村 生活和城镇生活地下水开采量分别占总量的85.8%、5.7%、2.9%和5.6%，有些地区甚至盲目开采深层地下水用于农业灌溉，不但造成巨大的浪费，而且难以持续。地下水占总供水量的比例不合理，南疆地下水供水量占总供水量的比例过低，吐鲁番地区、哈密地区、昌吉州等地下水超采区又过高。

3. 地下水资源保护对策
针对以上新疆地下水资源现状开发利用存在的问题，提出新疆地下水资源利用与保护的对策与措施如下：
3.1 定期的地下水资源调查与评价。
新疆地下水补给量中有86%是地表水转化形成的，地下水补给量与地表水的用水量、用水结构、用水效率等关系十分密切，地下水补给量、可开采量以及开发利用中存在的问题等都是动态变化的。随着经济社会高速 发展 、水利工程建设的快速发展和地表水利用效率的提高，这种变化更加剧烈。因此，应定期开展地下水资源调查与评价工作，及时调整地下水资源补给量及可开采量，发现利用中存在的问题，为合理利用、有效保护，为政府部门科学决策提供科学依据。地下水资源调查与评价工作要统一部署、规范技术要求、严把质量关，使评价工作真正落到实处、达到预期目的。

3.2 严格控制地下水超采的措施。
超采区地下水位持续下降已造成严重危害。塔城盆地地下水超采，造成库鲁斯台草原生态环境不断恶化。天北 经济 带地下水超采引起地下水位持续下降，造成机井出水量减少，报废率大大提高，地下水质有恶化趋势。吐哈盆地地下水超采使得坎儿井大量干涸、报废。鄯善县南盆地地下水位以每年2m的速度下降，地下水源有面临枯竭的危险。哈密盆地南部含水层厚度较薄，地下水位持续下降，有可能造成含水层疏干。地下水超采问题如不及时解决，不仅对当前经济社会 发展 和生态环境造成很大危害，而且将对今后水资源可持续利用和经济社会可持续发展构成严重威胁。地下水超采是国民经济发展对水资源的需求，远远超出了水资源承载能力的表现形式之一，要站在流域水资源可持续利用的高度，采取综合措施进行治理。(1)是加强水资源的统一管理，特别是超采区范围内的地下水资源管理，严格施行取水许可制度，严格控制地下水的开采；(2)(是建设节水型社会，大力推行节水措施，提高水资源的利用效率和效益。对地下水的开采施行一井一表计量制，严格控制地下水的开采量；(3)是进一步加强对地下水资源的动态监测工作，提高监测资料的精度，为今后对地下水超采区的治理提供依据；(4)是积极寻找替代水源。如污水处理回用、中水利用、咸水利用、雨洪水利用以及跨流域调水等。
3.3 建立地下水监测站网。
地下水监测是地下水资源评价、规划、开发利用和管理的基础，没有地下水监测，就难以实现对地下水资源的 科学 评价和有效管理，就难以实现地下水资源的可持续利用。当前主要做好：（1）建立和完善地下水监测机构， 总结 30年来地下水监测工作的经验，地下水监测工作只有纳入水文部门，按照地表水监测的管理体系进行管理，才能从根本上解决当前地下水监测工作中存在的问题。新疆水利系统的地下水监测工作由新疆水文水资源局承担，具体业务由新疆水文水资源局水文地质处负责。各地州市基层水文水资源勘测局设立相应机构，落实人员编制，负责当地的地下水监测工作。（2）积极稳妥地推进地下水监测站网建设，地下水监测站网的规划、建设是地下水监测工作的基础，投入多，内容复杂、技术难度大，前期工作要求高，应该按照相应建设程序，分轻重缓急，逐步实施。