汕头大学医学院第二附属医院手术部设于本院住院楼第十层，层高3.3M。共设12间洁净手术室，其中1间Ⅰ级(为防辐射手术室），5间Ⅲ级, 6间Ⅳ级以及相应辅助用房和清洁走廊；设备层设在本楼楼顶。