常见的生物安全柜通常分为三个级别，分别是一级、二级和三级，分三大类来满足不同的生物研究和防疫要求。通常一级生物安全柜在目前使用较少，原因就在于一级生物安全柜只保护工作人员和环境而不保护样品，其效用与通风橱类似。

二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型，相比一级生物安全柜，二级生物安全柜也同样有“进气流”来防止操作时产生的感染性气体从前窗逃逸。但不同的是，没有经过过滤的进气流无法进入工作区域，所以试验品是不会受到外界空气的污染。二级生物安全柜的独特之处就在于经过HEPA过滤器的下沉气流会不断吹过生物安全柜的工作区域，这样会使得柜中的试验品不会被外界的细菌和尘埃污染。