一、水利工程环保设计存在的问题
1.施工期的废水排放问题
目前，施工期废水处理设计往往凭经验值设计。由于国内施工期废水的实测数据不多研究较少，没有一个成熟的理论指导，导致设计成果与实测结果存在出入，而一般废水处理的设计前提是要通过实测取得废水排放规律和排放量及浓度。加大在建水利水电工程施工前期废水的监测力度，获取废水的各种参数，为施工后期废水处理设计提供真实、可靠的参数。像粉尘、弃渣、废气等的环保设计亦是如此。
2.水土流失问题
水利工程在其运行中水土流失是最为重要的环境保护问题。因此，在水利工程的设计也要考虑到水土保持，特别是在生态问题严重的地区，更应该注重水土资源的合理利用，发挥水利工程的优越性，实现水土资源的有效利用。
3.社会及人文资产破坏水利工程建设对于社会与人文资产有着不小的影响。
水利工程建设在利用水源河流的同时迫使该地区人民背井离乡，对新环境的适应也考验着水库移民群众的心理与身体承受能力，新移民与原居民的习俗的融合程度等问题随之而来。同时很多水库大坝选址区存在大量的文物古迹，一旦进行水利工程建设势必会损毁人文资产，而这些资产都是不可再生资源，虽然水利工程在建设之初就对该地区的文物遗产转移到其它处或博物馆内，并对一些地质遗产进行录像，保证日后的研究。因此在进行水利工程设计和选址需要慎重决策，尽量不去迁移群众和破坏人文资产。
二、生态水利工程设计的基本方法
1.生态对水文过程分析
目前，水利工程设计中并没有广泛融人生态学，只仅仅考虑到工程水文学，只有更好的将工程水文学与生态水文学相互融合，为生态水利工程的设计提供宝贵经验和事实依据。生态水利工程的涉及服务对象分布范围比较广，比如农、林、牧、副、渔、草原、湖泊、湿地等所有需要生态用水的自然领域，以及工业、城镇、居民等所有的经济生活用水领域，我们必须掌握生态发展对水资源的需求准则，使生态水利工程的设计符合科学规律，顺从经济发展原则。
2.关注重点生态敏感目标
水利工程在选址是应尽量选择对周边环境影响较小的地方，设计必须要充分考虑易受影响重要的生态目标，在工程规划环节要给予更多关注。目前在很多水利工程的设计都忽略对流域生态敏感目标的考虑。比如三江平原在早期建设的防洪治涝工程时，没有充分考虑到各个地区跨流域排水问题，直接导致的恶果就是水资源明显退化，这成为了忽视重点生态敏感目标的典型教训。
3.结合环境工程设计
在水利工程的生态设计要充分引进工程与环境科学的理论和技术，达到水量与水质同步优化配置的目的，同时有效处理好生产废水污染防治以及施工期间所产生的弃碴等问题。因水利工程作用的水量较大且具有明显的季节性变，给生态水利工程的设计可能在实施过程中会遇到挑战与阻力。为了进一步缓和旱田排水过程中夹带淤泥和其他污染物流人下游湖泊或湿地，需要在进入湖泊或湿地前的过渡带设计生态处理沟渠。对于水田排水沟渠，在其两边种上水生绿色植被来增强水质处理的效果，也可通过人工沟渠湿地可以处理一些可降解的有机污染物。同时借鉴于用自然稳定塘处理水污染的理论与工艺来丰富设计思路。要积极探索融合生态水利工程与水污控制工程的科学方法，建设生态环保的水文系统。
三、总结
目前，我国正在大力兴建水利工程，虽然国内的技术还存在很大的不足，高素质专业人才欠缺，给生态水利工程建设带来阻力。我们应在充分掌握自然规律、自然界的运行准则的前提下，借鉴西方国家的先进技术和经验的同时立足国情自主创新，重点培养高素质的专业化人才，完善水利工程的环保设计理论和指导方法，努力进行科学攻关，进行水利工程的建设，以此来保证水利工程建设与生态环境协调发展，推动中国水利事业的快速发展，更好的造福人类。