1、水利工程泵站群未得到合理规划设计。我国部分水利工程泵站群受到时间及地域限制，泵站在运行期间，所规划设计的进出水方案无法满足现代工程需要。尤其是在设计泵站进水工作时，不合理的规划设计导致泵站进水恶劣，并相应的产生振动、气蚀及漩涡等现象，降低了水泵效率和工作性能。大部分泵站的设计方案中，设计的防洪标准偏低，而防洪设计的标准时间只能是在5—10年中，使泵站群工作效率下降。
　 　2、泵站机械设备过于陈旧，未得到及时修整。泵群机械设备处于长期使用过程，使用时间过长，会造成设备严重老化，从而降低了装置效率，加大了耗能量。而设备运行期间，已经降低了电气的绝缘性，使设备存在着诸多安全隐患。并且部分泵站群区建筑时代久远，严重损坏，再加上部分管理人员未重视建筑结构，使建筑物频发故障；另外，泵站群运行期间，会由于压力管道及闸阀等设备设施的腐蚀，会存在着严重的危险事故，以此降低了泵站群设备的运行效率，提高了运行成本。
　 　3、缺乏先进的信息化技术。近年来，我国逐渐认识到自动化技术在水利工程中的重要性，也加大了自动化技术在泵站群中应用。但部分泵站群依然缺乏相应的现代化监控设施和信息化手段，通常是人工完成泵站设备控制工作，无法满足高效率，相反存在着能源消耗超标现象。并且泵站群中的技术人员专业化水平较低，人数较少，对泵站群运行造成严重影响。
　 　4、管理意识有待提高。水利工程长期重视工程建设工作，缺乏管理意识，再加上管理经费的限制，导致管理人员未树立充足的管理意识，管理水平急需提高。
　 　5、缺乏完善的管理制度。泵站群运行期间，由于缺乏建立完善的管理制度，部分泵站群管理制度缺乏细致、全面的管理内容，无法采取良好的操作方法。同时管理工作中，分工不明确，岗位责任制不完整，缺少相应的运行流程，使泵站运行管理缺少工作依据。另外，泵站群建立了完善管理制度，但未贯彻落实执行，使泵站群管理和维护工作受到严重影响。
　 　6、缺乏充足资金，站区生态环境严重破坏。部分泵站群运行期间，缺乏资金来源，设备更新缓慢。另外泵站群缺乏良好的生活条件，多是在恶劣条件，并且水质易受到污染，对泵站群经济运行造成影响。