使用厌氧工艺处理废水尤其是工业废水时，最大的问题就是废水水质的不稳定性。工业废水的排放与工!世生产工艺的调整、和各种运行工况有极大关系，水质和水量往往会出现非常大的波动。虽然工业废水处理场通常都设置容积很大的均质调节池和事故池及自动投加酸碱的中和设施，但还是不能完全消除水质波动对厌氧生物处理系统的不利影响。除此之外，工业废水的成分相对单一，其中氮、磷等营养物质和各种微量元素往往不能满足厌氧微生物的需要，而废水中的重金属、有毒有机物等对厌氧微生物有害的物质不仅经常存在，而且波动很大，经常会影响厌氧消化工艺的正常运行。
污泥厌氧消化处理的对象是活性污泥，一般不存在毒性问题，而且其中的碳、氮、磷等营养物质一般是均衡的，能够适应厌氧微生物生长繁殖的需要，各种不同类型的微量元素也比较齐全，通常污泥中的各种成分不会影响厌氧生物处理过程的正常进行。
在消化污泥的培养阶段，处理剩余污泥厌氧消化污泥的培养相对简单，不必像处理高浓度工业废水那样必须要加入营养物质和一些微量元素。污泥厌氧处理设施运行时通常只要控制温度、产气、搅拌、进泥、排泥等几个环节即可，而在废水的厌氧消化处理过程中，不仅要控制上述指标，更重要的是控制进水的pH值、CODcr，浓度、重金属、有毒有机物等成分是否超标，还要及时控制和掌握各种营养成分的比例是否均衡等。