我先抛砖引玉一下：
1，我认为这个计算高度就该是层高，基础的层高设置不同会有什么影响我没有仔细比较过，现在基本不干砖混结构，以前倒是干过。这个层高的设置你可以按照砌体规范5.1.3进行设定。
2，JCCAD里面的上部作用点高度就该是你建模设定一层层高的最低标高位置。位置确定也是根据砌体规范5.1.3。为了说明这个问题，我举个例子。比如你一层高度是2.8m，基础埋身为-1.8m，基础顶标高娃为-0.6m，建模时把一层层高定义为3.4m，那么上部作用点高就该是1.2m。（不知我这么理解是否正确）
3，条基的底面宽度是可以通过PKPM自动计算得出来的，不需要你人为设置。基础高度要通过条基的高宽比及放阶由人工设置。至于深度是否合理，是你通过看地质报告来定的基础底标高，所以深度是合理的。
以上均为个人愚见，有不对或异议之处还请大家指正。

砖砌体结构是一层是按层高设定的,即基础顶面计算,以下部分土体是JCAD内的自动计算覆土重上已经考虑了