EGSB反应器作为一种改进型的UASB反应器，虽然在结构形式、污泥形态等方面与UASB反应器非常相似，但其工作运行方式与UASB截然不同，较高的上升流速使颗粒污泥床处于膨胀状态，不仅能使进水与颗粒污泥充分接触，提高传质效率，而且有利于基质和代谢产物在颗粒污泥内外的扩散、传送，保证了反应器在较高的容积负荷条件下正常运行。与UASB反应器相比，EGSB反应器具有以下特点：
a）EGSB反应器能在高负荷下取得高处理效率，在处理CODCr浓度低于1000mg/L的废水时仍能有很高的负荷和去除率；
b）EGSB反应器内能维持很高的上升流速。UASB反应器中最大上升速度不宜超过0.5m/h，而EGSB反应器可高达3m/h～7m/h。可采用较大的高径比（3～8）,细高型的反应器构造可有效减少占地面积；
c）EGSB反应器对布水系统要求较为宽松，但对三相分离器要求更为严格。高水力负荷使得反应器内搅拌强度加大，在保证颗粒污泥与废水充分接触的同时，有效地解决了UASB常见的短流、死角和堵塞问题。但高水力负荷和生物气浮力搅拌的共同作用使污泥易流失。因此三相分离器的设计成为EGSB反应器高效稳定运行的关键；
d）EGSB反应器采用处理水回流技术，对于常温和低负荷有机废水，回流可增加反应器的水力负荷，保证处理效果。对于超高浓度或含有毒物质的废水，回流可以稀释进入反应器内的基质浓度和有毒物质浓度，降低其对微生物的抑制和毒害，这是EGSB区别于UASB反应器最为突出的特点之一。