首先应该确定烧毁部分是电源还是信号，以便确定雷电流是从电源线路进入还是从信号线路进入。照你的说法，已经在电源配电箱安装避雷器，那电流应该是从信号线路进入。但是，光端机前端进线是光纤进线（光纤是绝缘的），一般情况下不会有雷电流进入，当然，雷电流从金属加强芯入侵除外。
如果我没猜错的话，收费亭应该是金属的，而且还是在室外。
设备损坏可能是：摄像枪安装在收费厅内，光端机和摄像枪之间的信号线路沿着收费厅布线且线路没有进行屏蔽，在收费厅静电感应时，感应雷电流通过信号线路入侵设备导致设备损坏。
建议安装信号避雷器或将信号线路进行全线金属管屏蔽，并且将屏蔽金属管两端做好接地。