洁净空调是净化系统中不可缺少的部分。洁净空调系统和普通空调系统相比有很多不同的地方。
首先，洁净空调系统的风量除了要满足除热、除湿要求外，还要求满足达到并维持一定洁净度所需要的风量。所以一般情况下相同空调面积的洁净送风量比普通送风量要大，空调机组配置的风机功率、盘管冷量也相应变大，能耗相应地增加。
其次，为了达到理想的洁净度，要求对空气进行多级过滤，如新风需要进行初效、中效和亚高效三级以上的过滤，在空调系统的末端设置高效过滤器。这样空调管道系统的阻力就随之升高，空调机组的风机需要更高的功率才能提供足够的余压。过滤器的配置也会提高成本。
第三，为了尽可能地降低洁净空调系统的能耗，要求洁净空调机组风机要有变频功能。变频器在降低能耗方面起了很大的作用，但是也会增加空调机组的成本。
第四，洁净空调系统对材料和工艺的要求也高。如洁净送风管道所用的镀锌钢板质量要好于用在普通空调的；管道的保温材料要求用耐用、强度高、不发尘的高级保温材料如PEF保温棉；风管法兰吊架等需用镀锌角铁；风管的制作安装有严格的工艺要求。制作洁净空调机组采用的材料要求也高，如采用不锈钢板，采用铝合金框架双面板结构等。
总之，洁净空调系统投资成本要比普通空调的高，而我们花费这样高的成本去创造无菌的环境是必须的，也是值得的。