水电发电运营期并不排放水污染物，但由于大坝的截留改变了水的流态，使水的流速减缓，使污染物积聚在库区，水体自净能力发生变化，进而影响水库水质。因此，其主要影响是使水体从河流改变成水库，进而影响水质。同时，国标（地表水环境质量标准）对河流、水库等不同地表水体的氨氮、总磷等批标限值是有不同规定的，需要加以注意。因此，需要重点关注的是COD、总氨、总磷（富营养化），如重金属含量高， 还需要考虑重金属的沉积问题等。