(l)工程地质条件的复杂性
通常，地质条件并非理论上的理想化，尤其是 高层建筑，既要满足建筑物承载力的需要，又要保证规定的埋置深度。在工程实例中有呈“糖葫芦串”的溶洞现象;还有些工程地基岩层为页质石灰岩，或者是同一条孔桩底面一半达到基岩一半是泥浆，都不能达到设计要求的完整基岩;这就给工程的设计、 施工提出了很高的要求。而设计阶段的地质勘察工作仅仅是对几个控制孔进行钻探，尽管是定桩定点，桩径远大于钻孔径，因此无法从范围和深度上全面、准确地反映地质情况。设计人员往往是把地质勘察报告作为参考资料，先初步作出基础的设计方案，在施工过程中根据实际开挖情况，不断完善和修改，以保证建筑物的安全可靠。但这样就很难把建筑地基基础工程的造价控制在预算范围内，地基基础分部工程的实际造价只能按照现场签证重新计算。
(2)施工方法和工序的多样性
在实际工程施工中，对同样的设计图纸，在基础施工工序的选择上，可以有不同的施工方案。采用不同的施工方法和工序，地基基础工程的造价是不同的。
(3)建筑地基基础工程施工的季节性
建筑地基基础工程施工一般要选择在干燥少雨的秋冬季节。在雨季施工，可能会带来土方塌方而增加费用，或者由于雨水的作用而增加抽水台班费用。