在水利工程上采用连锁块混凝土护坡设置碎石垫层的原因主要有以下几点：

1. 保护混凝土：碎石垫层可以起到保护混凝土的作用，防止混凝土直接与土壤接触，避免土壤中的有害物质对混凝土造成侵蚀。

2. 缓冲作用：碎石垫层可以起到缓冲作用，减少土壤对混凝土护坡的冲击和磨损，延长混凝土护坡的使用寿命。

3. 排水作用：碎石垫层可以有效地排水，防止护坡下方积水，避免护坡受到水侵蚀的影响。

4. 增强稳定性：碎石垫层可以增强护坡的稳定性，提高护坡的抗滑能力，保证水利工程的安全运行。

综上所述，在水利工程上采用连锁块混凝土护坡设置碎石垫层是非常必要的，可以有效地保护混凝土、缓冲冲击、排水、增强稳定性等，延长混凝土护坡的使用寿命，保证水利工程的安全运行。