西部山丘区各独立水系，其特点是发源于山区，分别独立汇入太湖或平原，流向为终年单向流。代表性独立水系有湖西区南溪水系、洮滆水系、浙西区的合溪水系和苕溪水系。

太湖和低平原的黄浦江水系，以太湖为源头，以平原河网为主体，有时发生往复流。黄浦江水系主要河道有吴淞江、太浦河、斜塘、红旗塘（园泄泾）、大泖港等。

沿江沿海水系。该水系为平行的一系列独立入江或入海河道。在开闸时，水流入江入海；在关闸时参入平原河网的黄浦江水系。沿江水系河道全部为南北向，由西向东排列，西起丹阳的九曲河，依次主要有新孟河、德胜河、藻港、新沟河、夏港、锡澄运河、白屈港、十一圩港、张家港、望虞河、常浒河、杨林塘、戚浦塘、白茆塘、浏河等河道，沿江水系北接长江，南抵江南运河。

太浦河是太湖流域的重要河流，也是上海市西南部的大河，因沟通太湖和黄浦江，而故名。长为57.2公里，流经江、浙、沪3省市15个乡镇。为太湖入黄浦江的人工河道，开挖于1958年。全长57.5千米，河宽约200米。

望虞河南起太湖边沙墩口，北至长江边的耿泾口。望虞河现为引江济太工程调水河道。望虞河是太湖主要泄河道之一，全长60.8千米。

黄浦江是上海的地标河流，流经上海市区，将上海分成浦西和浦东。黄浦江是上海的重要水道，在上海市中心外白渡桥接纳吴淞江（苏州河）后在吴淞口注入长江，是长江汇入东海之前的最后一条支流。黄浦江全长约113公里，河宽300至770米。

吴淞江，古称松江或吴江、亦名松陵江、笠泽江，发源于苏州市吴江区松陵镇以南太湖瓜泾口，由西向东，穿过江南运河，在今上海市黄浦公园北侧外白渡桥以东汇入黄浦江。与东江、娄江共称“太湖三江”。

太湖流域有湖泊面积3160平方公里（按面积大于0.5平方公里的水面计），占流域平原面积的10.7%，湖泊总调蓄容量57.68亿立方米，是长江中下游7个湖泊集中区之一。太湖流域的湖泊全部都是浅水湖泊，平均水深均小于2米，最大水深一般也在3米以下，个别湖泊最大水深大于4米。

太湖流域共有面积大于10 平方公里的湖泊9座，分别是太湖、滆湖、阳澄湖、洮湖、淀山湖、澄湖、昆承湖、元荡、独墅湖，合计面积2838.3 平方公里，占流域湖泊总面积的89.8%；蓄水容积50.77亿立方米，占全部湖泊总蓄水容积（57.68亿立方米）的88%

太湖位于长江三角洲的南缘，古称震泽、具区，又名五湖、笠泽，是中国五大淡水湖之一，横跨江、浙两省，北临无锡，南濒湖州，西依宜兴，东近苏州。太湖湖泊面积2427.8平方公里，水域面积为2338.1平方公里，湖岸线全长393.2公里。其西和西南侧为丘陵山地，东侧以平原及水网为主。

滆湖，俗称筛子湖，亦称西滆湖和西滆沙子湖和西太湖，位于武进西南部与宜兴东北部间，为武进和宜兴共享，是苏南地区仅次于太湖的第二大湖泊，滆湖面积约25万亩（约166.7平方千米），平均水深不足1.5米。

又名阳城湖。在江苏省南部，苏州城东北五公里，跨吴县和昆山县。阳澄湖畔，东依上海，西临苏州，京沪铁路、沪宁高速公路312国道皆傍区而过，与上海虹桥机场相距仅半小时车程。它拥有岸线9.67千米，岸线蜿蜒曲折，富有诗意。南北长17千米，东西最大宽度8千米，面积117平方千米，蓄水量3.7亿立方米。阳澄湖总水面18万亩，太湖下游湖群之一，系古太湖的残留。

洮湖，又名长荡湖，江苏十大淡水湖之一，位于金坛县境东南部，跨金坛、溧阳两县，总面积约85平方公里。郦道元《水经注》称此湖为“五古湖”之一．属太湖水系。

淀山湖位于上海市青浦区，是青浦新城的核心景观带，邻接江苏省昆山市，距上海市中心区60公里，是上海最大的天然淡水湖泊，面积62平方公里，是上海的母亲河——黄浦江的源头。淀山湖总面积62平方公里，相当11.5个西湖，而且水质清澈（国家二级水质），有千岛湖的湖岛相连纵观，又有兔耳岭石草相互称景之美。