微生物处理污水是在污水里投放大量有效微生物菌种，促使水体本身快速形成一个平衡的生态系统，其中不仅有分解者生物、生产者生物、还有消费者生物，三者分工协作，对污水中的污染物进行更有效的处理与利用。

从经济方面来说，微生物菌种处理废水的成本低。从环境污染方面说，无二次污染，对环境影响小。从处理效果方面说，不仅可以去除有机物、病原体、有害物质，还能去除臭味、提高透明度、降低色度等，处理效果好。

首先，经济方面：

1、微生物菌种处理废水经济消耗包括微生物菌种，微生物菌种生长所需的营养源（碳源、氮源、磷源）和调节废水PH所需的药剂，为微生物提供氧气来源的曝气装置，污水污泥回流装置，污泥处置装置等。

2、微生物具有很好的吸附性和沉降性，很强的降解能力，不需要高温、高压等苛刻的要求，相比物理化学方法处理废水的设备和长期投加的药剂比较，处理费相对较低。现在的废水处理都是以物理化学方法去提高废水的生化性，再用生物方法处理废水的方式配合使用。

其次，环境污染方面：

微生物处理废水是将废水中的污染物最终转化成二氧化碳、氮气、水和污泥。二氧化氮、氮气和水都是无毒无害的，污泥也能够通过污泥消解转化成有机肥料，污泥也可以制作建筑材料。充分地表明了微生物处理废水无二次污染物产生，不会对环境造成污染。

微生物处理污水根据其处理过程中氧的状况，可分为好氧处理系统与厌氧处理系统。
1. 好氧处理系统
微生物在有氧条件下，吸附环境中的有机物，并将其氧化分解成无机物，使污水得到净化，同时合成细胞物质。微生物在污水净化过程，以活性污泥和生物膜的主要成分等形式存在。
2.生物膜法
该法是以生物膜为净化主体的生物处理法。生物膜是附着在载体表面，以菌胶团为主体所形成的粘膜状物。生物膜的功能和活性污泥法中的活性污泥相同，其微生物的组成也类似。净化污水的主要原理是附着在载体表面的生物膜对污水中有机物的吸附与氧化分解作用。生物膜法根据介质与水接触方式不同，有生物转盘法、塔式生物滤池法等。
3. 厌氧处理系统
在缺氧条件下，利用厌氧菌(包括兼性厌氧菌)分解污水中有机污染物的方法，又称厌氧消化或厌氧发酵法。因为发酵产物产生甲烷，又称甲烷发酵。此法既能消除环境污染，又能开发生物能源，所以倍受人们重视。污水厌氧发酵是一个极为复杂的生态系统，它涉及多种交替作用的菌群，各要求不同的基质和条件，形成复杂的生态体系。甲烷发酵包括3个阶段：液化阶段、产氢产乙酸阶段和产甲烷阶段。

微生物处理污水主要去除污水中呈胶体和溶解状态的有机污染物质(BOD，COD物质)，去除率可达90%以上，使有机污染物达到排放标准。

1、将废水中的有机物降解转化成二氧化碳、氮气、水和污泥本身以去除有机物。

2、可将废水中的病原体吸附和吞噬等方式以去除病原体。

3、废水中的有害物质可氧化转化成无毒位置或吸附到污泥上的方式以去除有害物质。

4、通过吸附、降解和沉降提高水质的透明度和降低色度。筛选出合适的微生物菌种可将废水中大多数污染物都降解。

5、可检测废水中的污染物类型，筛选出合适的菌种，通过共生的方式进行污水处理。