《花镜》里的“辨花性情法”提到：“苟欲园林璀璨，万卉争荣，必分其燥、湿、高、下之性，寒、暄、肥、瘠之宜，则治圃无难事矣。若逆其理而反其性，是采薜荔于水中，搴芙蓉于木末，何益之有哉？”“辨花性情法”位于课花十八法之首，足以说明了解植物的生态习性、根据植物生态习性选择需要种植的植物在植物配置过程中是非常重要的。书里用若干例子论证了选择树种首先要考虑植物的生物学特性与生态习性。这说明在古时候，人们就认识到为了能营造优美的园林景观，要选择合适的植物。树种选择合理，可以提高观赏效果、保证景观质量、节约建设资金和管养成本。

对于各种植物相关生态习性以及栽培原理的研究在陈淏子所著的《花镜》中有相关的记载，他对植物进行的相关分类以及对生态习性的具体说明，主要集中在“花木类考”、“藤蔓类考”、“花草类考”中，总共介绍了295种植物。从中可知古人对园林植物的选择在当时就已经有了一定的研究基础，对于当时植物景观的营造提供了切实可靠的依据。明清杭州园林在植物选择上均考虑到了这一点，在园林中也都是采用适宜的植物来进行景观营造，如梅、桂花、垂柳、荷花、木芙蓉、松、竹、桃、杏、枫香、山茶、杨梅、石榴、海棠、紫薇、樟、李、朴、杉、柿等，这些植物均能适应杭州的气候，并在明清杭州园林中广泛运用。

乡土树种，指经过长期的自然选择及物种演替后对某一特定地区有高度生态适应性的自然植物区系成分的总称，具有适应性强、病虫害少、抗逆性强等特点。有些乡土树种在当地种植的历史非常悠久，还能形成当地的乡土文化特色。它们首先在选材上方便、运输成本低，后期也不需要投入太多人力物力去养护管理。乡土树种对于外来植物而言有着无法比拟的造景优势，其在所处的地域已经经历了长期的物竞天择，体现出对本地环境良好的适应性。

明清时期，杭州对乡土树种的栽植和应用已经有了一定的理论基础，这在各时期府志、县志等的物产篇中均有记录。而记载明清杭州园林的诗文古籍中涉及到的乡土植物也不少，例如，提到梅花的有“山房多修竹古梅”的青莲山房，“古梅翠竹，夹岸排立”的竺西草堂，“玉梅倚石如高士”的小有天园；提到桂花的有“周植老桂修篁”的小辋川，“阶前老桂婆娑”的天香书屋，“泉侧丛桂常青”的清孤山行宫。此外，垂柳、荷、芙蓉、松、竹等古籍、诗文中常提到的植物也都是杭州的乡土植物。

“物种多样性促进群落稳定性”是生态学中一条重要的原理，因此，园林植物配置时必须重视物种多样性选择，尽可能采用更多的植物种类，避免采用单一物种的配置形式。明清杭州园林植物配置在植物种类选择上除了考虑其生态习性外，使用的种类数量也非常之多。在《万历杭州府志》、《乾隆杭州府志》、《西湖志》、《西湖志纂》、《民国杭州府志》、《万历钱塘县志》、《嘉靖仁和县志》、《康熙仁和县志》、《康熙钱塘县志》的物产篇，以及《西湖游览志》、《西湖梦寻》、《湖山便览》、《遵生八笺》、《花镜》等古籍、诗文中提及的植物有300多种，而常用的植物有100多种，这些植物不仅是杭州的乡土树种，而且种类繁多，它们至今在杭州园林中依然广泛应用。