彭永臻院士长期从事污水生物脱氮除磷、活性污泥法污水处理系统的自动控制与智能控制等理论研究与工程实践，为解决该领域技术瓶颈和工程难题作出重要贡献。以唯一第一/通讯作者，发表SCI论文350余篇，其中IF＞9.0的JCR一区论文280余篇，目前正列入ESI高被引论文14篇；以第一发明人获国家授权发明专利283项，已转化107项；获国家科技进步与技术发明二等奖4项、省部级科技一等奖8项。

近年来，彭永臻院士领衔的北工大污水脱氮除磷研究方向位于国际热点方向第一位和国际领先水平。 2009年至今，以彭永臻院士为第一作者或通讯作者在该领域的发表论文数与引用量，国内外排名第一。 以新技术研发与工程应用为目标，彭永臻院士在国内外率先提出“主流城市污水部分厌氧氨氧化”思想与新技术，并在国内外率先实现短程反硝化耦合厌氧氨氧化，发表了该研究方向的前10篇SCI一区论文。据科睿唯安与中科院联合发布的《2020研究前沿》显示，“厌氧氨氧化技术及在污水处理中的应用”为环境领域唯一重点热点前沿， 其核心论文产出国家与机构排名中，中国位列第一，北京工业大学与荷兰代尔夫特理工大学并列全球第一。

为继续支持所热爱的人才培养事业，彭永臻院士已将本次获得的个人奖金20万元港币， 全部捐给北京工业大学教育基金会，用于资助和奖励学校环境保护领域创新型科技人才的培养与发展。