1855年，黄河铜瓦厢改道，结束了黄河南行700年由淮河入海的历史。黄河下游自明清开始频繁决口，冲断大运河，倒灌洪泽湖，造成了河南、山东、江苏等省数百年的深重灾难。黄河北行后数十年间，下游水道尚在形成进程中，经常决溢泛滥，留下了苏鲁豫洪涝区。孙中山指出：“黄河之水，实中国数千年愁苦之所寄。水决堤溃，数百万生灵、数十万万财货为之破弃净尽。”他提出“顾防止水灾，斯为全国至重大之一事”,“旷古以来，中国政治家靡不引为深患者。以故一劳永逸之策，不可不立，用费虽巨，亦何所惜，此全国人民应有之担负也”。他深知黄河治理的迫切性，提出下游疏浚黄河河口，中游黄土高原区水土保持为重的规划思想。针对黄河下游和河口，他提出河口疏浚和下游筑堤的方案：“黄河出口，应事浚渫，以畅其流，俾能驱淤积以出洋海。以此目的故，当筑长堤，远出深海，如美国密西悉比河口然。堤之两岸，须成平行线，以保河辐之划一，而均河流之速度，且防积淤于河底”。这里谈到修筑堤防不仅防洪，还有防积淤的作用。他还提出了黄河河口的治理，在于疏浚以畅其流路。孙中山注意到黄河泥沙是造成黄河善淤、善徙的根源，他希望通过植树造林减轻上中游水土流失，“则植林于全河流域倾斜之地，以防河流之漂卸土壤是也”。

孙中山对黄河治理的设想体现了综合治理的理念，也为后来的黄河治理提供了可借鉴的思想基础。新中国成立后，在党的高度重视和坚强领导下，古老黄河发生沧桑巨变，从“中华之忧患”变为一条利民之河、安澜之河，成为中国粮仓丰满的重要保障、国家能源安全的重要支撑、流域生态环境改善的重要依托，为世界大河保护与治理树立了典范。

     孙中山关于长江整治，在《建国方略》之“第二计划”中的第二部分进行论述，整个部分分为六个章节，分段论述整治长江的路径。关于河口的整治，提出水道治理设想，“欲治扬子江口，吾辈须将构成其口之三水道一一研究，又择出其一道以为入海之口”，“在我整治扬子江口之计划，本应选用北水道，而闭塞中南二水道。因北水道为入深海最短之线，又用之以为惟一之扬子江口，则其两旁有更多之沙坦洼地，正待沙泥填堵也。故其费用为较少，而收效为较多”，主要是闭塞南部的两个水道，留出北部的一个水道。关于江阴至芜湖段的整治，“盖其泛滥之地，应填筑者”，“然而此部分原有河堤，大抵可以听其自然，惟其河岸凹曲线面，有数处应用石或士敏土坚结以保护之耳。以力求省费之故，此段水道及河堤整治工程，可以一面用人为之工作，一面助以自然之力”。这一段的整治主要是加固堤防和河道整治。关于武穴至汉口段，“整理此段，须填塞其宽广之河面三数处。令水道整齐，有三四处支流须行闭塞。如此，然后冬季节俱有三十六尺至四十八尺水深之水道，可得而成也”。这一段的整治主要是河道整治，通过控制和调整河势，裁弯取直，河道展宽和疏浚等，起到因势利导，调整、稳定河道主流位置，改善水流、泥沙运动和河床冲淤部位，以适应防洪、航运等方面的需求。对于扬子江的整治，经黄浦江合流点、江阴、芜湖，一直到汉口，各段都有相应的整治措施，或采取收窄河口的措施，或采取筑堤或改道的方法，因势利导，对症下药。

孙中山对长江整治的设想体现了系统治理、因地制宜、分类施策的理念。新中国成立后，在党中央、国务院领导下，长江水患频仍的局面得到改观，流域防洪抗旱减灾、水资源综合利用、水资源与水环境保护、水生态保护与水土保持以及流域综合管理等方面取得显著成效，为流域经济社会发展和人民生活幸福安康提供了有力的水利支撑与保障。