每周需要投加甘度光合细菌1-10ppm，硝化细菌2-5ppm，芽孢杆菌1-2ppm，持续四至六个月，菌种与河水1：100比例混合后投加。

优化可采用建造微生物培养基地（池外扩繁、异位培养）的方式，不间断的补充硝化细菌和芽孢杆菌，增加河道对氨氮和COD的处理能力，在部分硝酸盐累积较重的河道，可少量投加反硝化菌。或整体采用移动式填料挂膜法，挂好填料后埋设在岸边进行处理。