含跨区域调水的多水源水库群系统调度决策中需协调保障供水效益与降低供水成本的多目标矛盾，在综合考虑本地水资源与外调水资源供水相对成本差异的基础上，根据引调水成本的相对高低提出供水成本递增的多情景分层优化模型，以降低系统总缺水率为优化目标、限定外调水量为约束条件，分情景求解多水源联合供水方案并分析目标间矛盾关系。以南水北调东线受水区江苏段及洪泽湖、骆马湖为研究对象的水资源系统调度为应用实例，计算结果表明：（１）两湖的本地水资源能满足平水及以上年型的用户用水需求；（２）当洪泽湖遭遇偏平及以上量级来水，且相对骆马湖来水丰沛时，启用洪泽湖向骆马湖调水可降低公共用户及骆马湖周边用户缺水量；（３）在现行协议供水量条件下，引调江水可解决洪泽湖、骆马湖枯水年型组合下的缺水问题；（４）多年平均条件下，引调０.６倍协议引江水量是均衡考虑降低系统缺水及引江水成本的折中方案。模型可为跨区域调水系统中多种水资源工程水量联合调度决策提供决策参考。