场地划分为五大分区：植物展示区、入口区及园务管理区、自然植被区、科研实验和引种生产区以及预留发展用地。

“一环串六园·六园十二景”是绍兴植物园的基本构架，包含主游线形成的景观环；水韵花语、水乡诗意、童趣农耕、兰草猗猗、自然山林六大园区；乐活花苑、艺术田野、兰草猗猗、桃柳杏语、岁寒三友、蔷薇春色、红叶秋霜、荷香睡莲、鸢尾花海、水下森林、七叶听禅及香榧拾珍共十二个经典植物景观名片。

步入植物园主入口，就进入了童趣农耕园。植物科普馆是这里的核心，环绕着入口湖面分布着植物造型、植物迷宫、香料染料、感官花园、农事体验及儿童游乐设施园六处小游园。

兰草猗猗园以花瓣状的三大温室为核心，结合室外兰圃、兰花台地、兰花山径，致力于打造国内收集兰花品种最全、观赏兰花体验最丰富的兰主题专类园。

春花秋叶园通过春花谷、秋叶岛以及花卉大草坪的营造形成最具冲击力的春花秋叶景观名片。

水乡诗意园依托绍兴地域诗词文化，设计诗语书屋、松竹梅园、扶桑芙蓉园、桃柳杏花园、豆香瓜果园，再现绍兴的诗情画意。

水韵花语园是一座浪漫的水上花园，包含水上森林、荷香睡莲园、鸢尾菖蒲园、荻芦飞雪园、湿生花草园以及水下森林，营造空中-地面-水下全方位的立体花园氛围。

自然山林园依托现状山林、凤凰庙和现状山道，构建以自然山林为主要景观要素的园区，包含佛教文化植物园、珍稀植物园、岩石花园等专类园区及主题植物山径等内容。