化学清洗的方法有很多，按照化学清洗剂的种类可以分为碱清洗、酸清洗、表面活性剂清洗、综合剂清洗、据电解质清洗、消毒剂清洗、有机溶剂清洗、复合型药剂清洗和酶清洗。

　　碱清洗主要是为了去除溶液中的油脂和二氧化硅结垢等，清洗药剂为氢氧化钠、碳酸钙、磷酸钠、硅酸钠、过硼酸盐等，碱清洗即可以清除有机物，也可以清除无机污染物，其中过硼酸盐亦可用来清洗膜孔里面的胶体物质。

　　酸清洗主要是为了清除金属氧化物垢、水垢和二氧化硅垢等。酸清洗剂为盐酸、硫酸、硝酸等酸类物质。酸清洗主要可以去除膜表面和膜孔内的无机物以及不溶性物质，对于脂类、微生物和浮悬物所形成的沉积物，酸洗的效果比较差。

　　表面活性炭清洗主要是用以分散膜表面的油类，脂类和微生物产生的沉积物，可以改善清洗剂和膜表面的沉积物的接触，减少用水量，缩短清洗时间。常见的活性炭清洗剂为低泡型非离子表面活性剂、乳化剂，主要用以去除油脂。

　　综合清洗剂主要用以去除铁的氧化物、碳酸钙和硫酸钙等污垢。常用的综合剂有柠檬酸，EDTA，NTA等。

　　除此之外，还有酶清洗、聚电解质清洗和有机溶剂清洗等，酶对亲水性较好的醋酸纤维膜的清洗效果较好，但清洗时间慢且价格昂贵;聚电解质对于除去碳酸钙和硫酸钙污垢具有较好的效果;有机溶剂则用以除去有机膜污染。

　　化学清洗的关键是清洗周期、清洗水温、清洗剂浓度和PH、不同清洗剂的使用顺序。DTRO膜系统设计中，要求每级DTRO的透过液回收率一定，当膜发生污染时，系统为了达到既定的回收率，便会不断增大操作压力，同时跨膜压差也不断上升。当操作压力迅速上升时，系统需要化学清洗。