1忽视河流形态的多变性
　　河流形态的多样性是生态系统物种多样化的前提，倘若河流形态保持单一，将会对生物多样性带来影响。而我国许多河道疏浚工程主要关注工程量，规划设计时往往忽视原有断面的生态合理性，这就造成了河流形态的均一化，不利于生态环境。
　　2忽视河流与周边系统的联系
　　我国河流整治工程着眼于河道本身，往往忽略了周边生态系统的生物群落。许多河道整治工程将会打断原有食物链，使得原有植被、动物无法正常生存，生态系统就被破坏。工程完成后，往往不再消耗时间和金钱来重建恢复原有的生态系统，导致其一去不返。
　　3忽视湿地浅滩的作用
　　湿地浅滩是河流系统的重要组成，浅滩不仅可以为动物提供栖息地，还可以净化水体。然而我国的土地资源紧缺，为争夺土地，两岸堤防间距变窄，浅滩和湿地越来越小。
　　值得注意的是，影响生态水平发展和运用的因素很多（如图1所示），只有正视这些问题并采取切实措施才能够最终提高河道治理的水平。