制药污水相较于一般的工业污水，排放的废水中含有大量有害物质，使制药污泥的成分相较复杂，处理起来更加困难。未经处理的制药污泥危害大，容易造成水体、土壤及大气污染，危害人体健康，造成严重的二次污染。