纳子峡水电站位于青海省东北部的门源县苏吉滩乡和祁连县黙勒镇的交界处，地处大通河上游末段，地理位置东经98?30′～103°25′，北纬36°30′～38°25′。该电站是大通河流域年调节的“龙头”电站