湖嘉申线湖州段全长43.2km，起自湖州船闸西，向南沿东苕溪，于吴沈门水闸折向东，在倪家溪处进入杭湖锡线，沿杭湖锡线向南，于和孚向东，经双林于日晖桥进入京杭运河。