地形地质条件复杂，辅助洞的主要地质问题包括岩溶水文地质、断层破碎带、高地应力与岩爆、地高地温和有害气体等。在已揭露的大水沟长探洞中已碰到了各类地质问题，有些已构成了较严重的地质灾害，尤以突水、突泥现象