该校区排水工程由南京市建筑建学设计院设计，分为南北两区，校区内的排水系统采用雨，污分流制。雨水主要排至校区内的景观河内，小部分排至东外环路的雨水涵管内。污水汇入园区内的污水处理站后在排入市政污水干管内