南禅寺站位于中山路与解放环路交叉路口下，沿中山路地下南北向布置。南端地下空间延伸至解放环路，将解放环路街角全部打通，并设置物业开发。车站为地下两层岛式车站，车站有效站台中心里程为右CK13+489.3