依据南京市多层住宅屋顶水箱的使用情况，分析了屋顶水箱的运行工况及产生水质二次污染的原因。提出在满足供水要求的地区有条件取消屋顶水箱，对仍能起到调节作用的老式屋顶水箱进行改造并加强管理以及改为水池泵房供