水污染的防治可分为污染预防及污染物处理，政府政策亦搭配著预防及处理两面向来管理水资源。水污染可分为两大类别：「点污染源」与「非点污染源」。

「点污染源」包含工业废水、畜牧养殖废水、家庭生活污水、垃圾场渗出水等等，也就是有特定的排放口排入水体。在台湾，随著产业型态的演进，工业区事业废水管理渐渐以「製程改善、工业减废」为目标，各个产业都强调自我管理以及资源再利用，除非大型的意外事件，一般来说，点污染源的排放是较容易控制的。

「非点污染源」主要来自雨水经地表迳流，将沉积在陆地上的污染不定点的冲刷到水体。点污染源及非点污染源，造成河川与海洋污染的危机，最常看见的就是水库淤积、水库优养化现象。在水污染防治规划上，点污染源可透过污水处理来减少水体环境污染，而非点污染源需要公众的参与、共同维护环境才能避免越来越严重的水污染问题。

在良好的政策及有效的执行下，水质得以维持在一定的标准后，水量又是另一个必须被考量的水资源议题，因水量不足与水污染严重有一样的后果，会增加毒性、也大幅提高人类健康风险。

近年来水足迹的概念蓬勃发展，水足迹将水分为蓝水、绿水、灰水。蓝水代表地面水与地下水、绿水代表蕴藏在土壤中的雨水，而水足迹代表水的消费量，其中灰水包含了水污染量；在日常生活中，渐渐有企业以水足迹作为应用指标，水足迹可提供消费者了解他们所购买的产品，在生产过程中消耗了多少水。这是一个重要的概念，因为水资源的不足可能会造成该地区河川、湖泊的生态系统改变，也造成环境影响。水足迹不仅可提供水资源使用的讯息，对节水与保育?有正面的影响，亦可能成为水资源管理的新指标。