自1996年建设部提出勘察设计行业实施个人执业资格制度的专业划分初步意见以来，水利部水利水电规划设计总院一直参与这项工作，并于2000年10月以签报形式向部领导上报了《关于水利勘察设计行业实施个人执业资格注册制度的请示》，提出“在水利部领导下，人教司的具体指导下，由总院组建注册工程师（工程设计）水利专业管理委员会筹备组，加快水工结构等专业实施个人执业资格制度的前期筹备和立项论证工作”的建议，部领导批示同意，并对此项工作做了明确指示。同年12月水利部水利水电规划设计总院根据部领导批示精神和人教司在“水利行业执业资格研讨会”上的工作部署，向人教司上报了“水利勘察设计行业个人执业资格制度实施方案”。
2002年3月，水利部水利水电规划设计总院又以签报形式向部领导上报了《关于尽早启动水利勘察设计注册工程师业制度有关筹备工作的请示》，部领导批示：由总院与中国水利水电勘测设计协会共同开展筹备工作。
2002年5月，水利部水利水电规划设计总院又以签报形式向部领导上报了《关于水利勘察设计实施执业资格制度有关筹备工作的请示》，提出了水利部水利勘察设计执业资格工作领导小组、筹备委员会、专业划分及专家组组成方案。部领导批示：速征求水保司、移民局意见，提出一个协调方案。根据部领导批示，水利部水利水电规划设计总院就专业划分事宜分别与水保司、移民局进行了沟通，两部门同意在水利勘察设计执业资格制度中设移民、水保专业。
2002年6月，水利部水利水电规划设计总院再次以签报形式向部领导上报了《关于水利勘察设计执业资格制度专业划分协调情况的报告》，部领导批示：同志增设移民、水保专业。至此专业划分为结构、规划、移民、水保、地质5个专业。
2002年9月，水利部水利勘察设计执业资格工作领导小组召开第一次会议，讨论通过了水利部水利水电规划设计总院提出的《注册水利工程师专业委员会及考试专家组方案》和《关于建立注册土木工程师（水利）执业资格制度筹备工作的报告》。
2002年12月，水利部水利水电规划设计总院以水总计[2002]113号文向全国勘察设计注册工程师管理委员会报送了《关于建立注册土木工程师（水利）执业资格制度筹备工作的报告》。
2003年1月，全国勘察设计注册工程师管理委员会以《关于批准成立全国勘察设计注册土木工程师（水利）专业及全国勘察设计注册土木工程师冶金专业筹备管理委员会的通知》（注工[2003]2号文）批准，由水利部水利水电规划设计总院牵头成立全国勘察设计注册土木工程师（水利）专业筹备管理委员会。
2003年3月30日至4月1日，全国勘察设计注册土木工程师（水利）执业资格考试专家组第一次全体会议在北京召开，34位专家出席会议。会议明确了编制考试大纲阶段的工作计划、内部分工以及试题结构设计，通过了《注册土木工程师（水利）执业资格考试专家组工作计划》、《注册土木工程师（水利）执业资格考试专家组工作规则》。
2003年6月13日，建设部、人事部有关司局召集水利、水电规划院对水电工程专业执业资格进行协调。
2003年6月24日，全国勘察设计注册工程师管理委员会以《关于调整全国勘察设计注册土木工程师（水利）名称、执业范围和专业管理筹备委员会的意见（注工[2003]14号文）明确：将注册土木工程师（水利）调整为注册土木工程师（水利水电），执业范围由水利工程调整为水利水电工程。水利水电专业管理委员会由水利部负责组建。水利部水利水电规划设计总院牵头，与国家电力公司水电水利规划设计总院共同成立水利水电筹备委员会。
2003年9月28～29日，全国勘察设计注册土木工程师（水利水电）执业资格考试专家组第二次全体会议在北京召开，39位专家出席会议。会上，大家分组对考试大纲作了进一步修改、完善；落实了各执业方向的命题分工，就考试复习手册、考核测试手册编写方式、工作分工以及水利水电工程新旧专业对照等问题进行了研讨；成立综合组，主要负责专业技能考试中专业知识考试大纲和试题的组编工作。
2003年10月24日，全国勘察设计注册土木工程师（水利水电）专业筹备管理委员会第一次全体会议在北京召开。本次会议主要研究了《注册土木工程师（水利水电）执业资格制度暂行规定》等管理规定，并对《注册土木工程师（水利水电）执业资格考试专业考试大纲》进行了审查。
2003年10月30日，全国勘察设计注册土木工程师（水利水电）专业筹备管理委员会向全国勘察设计注册工程师管理委员会《注册土木工程师（水利水电）执业资格暂行规定》、《注册土木工程师（水利水电）执业资格考试实施办法》、《注册土木工程师（水利水电）执业资格考核认定办法》、《注册土木工程师（水利水电）执业资格考试基础考试（专业部分）大纲》和《注册土木工程师（水利水电）执业资格考试专业考试大纲》。
2003年11月26日，全国勘察设计注册工程师管理委员会以注工【2003】17号文批准