洁净室是半导体晶圆厂的心脏，所有晶圆的生产在其间完成，洁净室由两大部份组成一为洁净环境供应系统，一为高洁净度内装系统。
1.洁净环境供应系统
此系统供应洁净室所需的无尘洁净空气，并精确控制其微尘，静压，温度与相对湿度，由于洁净室为一很大的开放空间(Ball Room)，其中又放有许多的生产设备，因此要将整个洁净室控制在非常高等级，非常稳定的环境之下供应生产，需要很高的技术层次才能做到，洁净环境供应系统可分为下列三大子系统：
1.1补充空气系统(Make Up Air， MUA)
补充洁净室内因制程所需抽排掉及自然外泄的空气，同时调节洁净室内的静压，并做第一阶段的空气滤净，调温与调湿。
1.2循环空气系统(ReCirculation Air， RCA)
将洁净室内之空气不断循环滤净，以保持空气洁净品质并做第二阶段的温度调节。
1.3废气排放系统(Exhaust System)
将生产过程中产生的有害有毒废气经由抽气除毒装置将废气净化后排到大气、废气排放系统又可分为下列四大系统：
1) 一般废气：废热、机器外罩等无毒的废气排放
2) 废溶剂：挥发性的废溶剂经由活性碳吸附或高温燃烧处理后排放
3) 酸废气：带酸性的废气经由碱性湿式洗涤塔中和处理后排放
4) 碱废气：带碱性的废气经由酸性湿式洗涤塔中和处理后排放

2.高洁净度内装系统
由于洁净室对微尘的要求非常严苛，因此任何在洁净室内的内装材料必须是不会产生微尘的材质，又因为洁净室内相对湿度较低容易产生静电累积微尘，因此所有材料亦需要导电材质以避免静电的累积，高洁净度内装系统包含三大主要部份：
2.1滤网天花
由超洁净空气滤清网所构成，为洁净室微尘控制最主要的一道防线
2.2导电隔间
隔离所有生产微尘的来源，如外墙，设备维修区，并导掉累积微尘的静电
2.3导电高架地板
由穿孔与不穿孔的地板组成，主要作用在于形成洁净室气流的模式以避免扰流发生。