太湖部分水域藻类堆积导致了2007年无锡水危机事件，科技部率先启动了“应对太湖蓝藻水华的饮用水质保障应急技术研究及示范”科技支撑项目，南京地理与湖泊所承担了水源地水质在线监测与蓝藻暴发预警技术研究、水源地取水口蓝藻水华削减与水质改善技术研究及示范等两个课题。通过系统研究与集成，共取得以下几个方面突出成果。
　　一、是阐明了太湖蓝藻水华形成的基本规律，确定了蓝藻生长与水华形成的关键过程及其主导生态因子的阈值。揭示了气象与水文条件对蓝藻水华形成的驱动机理；构建了模拟浅水湖泊水动力、水质、藻类生长以及水华形成过程的蓝藻水华预测预警模型；建立了太湖蓝藻水华适时遥感监测与定量反演系统；建设了太湖重要湖区气象水文与水质自动监测网络，形成了每20分钟远程传输一套监测数据的能力；研发了太湖蓝藻水华的预测预警技术，业务化运行了近4年的蓝藻水华预测预报。
　　二、是解决了机动围隔技术、水源地源水组合净化技术以及湖泊生态系统修复技术等3项关键技术。通过对蓝藻水华（或污染团）进行机动拦截与导流，削减蓝藻生物量和蓝藻衍生污染物，并对水源地生态系统进行修复。在突发蓝藻水华引发水质污染（出现污水团）时，通过调整入水路径有效降低蓝藻水华及其衍生污染物对源水水质的污染。
　　三、是依托无锡锡东水厂，建设了蓝藻水华预警、水质净化和强化处理示范工程。水厂出水水质稳定达标，24小时预测预警准确率达80%以上，为应对太湖蓝藻水华和饮用水安全提供了技术保障。
　　此外，依托两个课题共授权或申请发明、实用新型专利11项，软件着作权登记5件，发表论文82篇；形成一支从事湖泊饮用水水质安全保障应急技术研究及示范的专业人才队伍，培养博士和硕士研究生33名以上。
　　项目成果在科技部组织的验收会议上得到以蔡道基院士为组长的专家组一致好评，为解决太湖蓝藻水华突发性污染问题、保障无锡饮用水安全提供重要技术支持，并在巢湖、广东大沙河水库、江苏溱湖等多个湖库水源地水质保障和生态修复中得到推广应用。