大包干合同中，若工程量清单项目描述的做法与招标图的建筑做法不同（清单单价比按图施工的单价要低），施工单位已按清单施工一部分，甲方发现后要求施工单位整改，即需按图纸施工，施工单位提出因为是甲方提供的清单，故需甲方负责整改的费用，若按图施工则须增加费用，但甲方认为合同中已明确合同总价已包含所有需按图施工的内容，故需施工单位无偿完成整改并按图施工。请高手来指点下这些增加的费用由哪方负责？建设部门有无相关的指引？谢谢！