我们承包了某住宅楼工程。工程竣工验收合格后，我们向发包人提交了结算书，但一直无法就结算问题达成一致。发包人向我们出具了一份结算书，在我们出具结算书的基础上扣除了有争议的3项工程款。我们于同一日分别发函给发包人及其工程部，分别要求支付争议的3项工程款和解办理工程交付手续及其他3项事宜，发包人工程部当日回函表示同意我们的3点要求，并要求尽快办理交付等事宜，我们认为发包人同意了我开门支付争议款项的要求，而发包人却否认，怎么办？