经济、环境和社会三个系统的协调发展才是可持续发展。绿色GDP只反映了经济-环境之间的影响，没有反映经济-社会、环境-社会之间的相互影响。所以只能说它是可持续发展指标之一，不能替代整个评价可持续发展的指标体系。绿色GDP核算有一定的难度，“目前世界上还没有一个就所有资源消耗成本、所有资源损失进行估算的数据，更不用说完整的绿色GDP数据了。” GDP以市场交易为标准。但是绿色GDP对资源耗费的估价没有标准。即使在建立起绿色GDP核算之后，也并不是要取消GDP。GDP是非常重要的宏观经济指标，它在制定宏观经济政策、检验宏观经济政策的合理性、判断宏观经济运行状况等方面具有非常重要的地位。GDP是绿色GDP的基础，没有GDP，就不可能有绿色GDP；只有将绿色GDP与GDP结合使用，资源耗减成本和环境损失的代价才会明晰的显露出来。
正像GDP从生产角度由各产业部门增加值组成，从使用角度由最终消费、资本形成、货物和服务净出口组成一样，绿色GDP也包括相应的构成指标；GDP与国民可支配收入、国民储蓄、国民财富等宏观经济指标之间存在密切的联系，绿色GDP也与相应的绿色宏观经济指标之间存在密切的联系。因此，绿色GDP不是一个孤立的指标。事实上，人们经常把绿色GDP看作是绿色国民经济核算指标的代表，当人们说绿色GDP核算的时候，实际上指的是与绿色GDP有关的一系列绿色指标的核算，这些指标从不同角度反映了经济发展及其与环境之间的相互影响。