污水厂的活性污泥更换的另一渠道就是引入功能性微生物菌种。在多数污水厂运行故障中，一些功能性微生物受损是比较常见的工艺异常，单纯通过接种的过程，其实主要是利用微生物自身的修复能力来进行活性污泥的处理功能的恢复过程，但是这个过程会受到环境因素的影响，比如温度，进水有机物浓度等，这就需要人为的促进这个过程加快进行。人为促进的方式就是改变环境或者增加专有微生物的数量。改变环境对于中大型污水厂来说，难度极大，中大型污水厂只能去适应环境的变化，而不是改变，改变环境的代价过大，成本极高，无法切实完成，因此人为促进的最好方式，是投加专性菌种。

一般来说，对于出现异常的污水厂，最可能的就是氨氮，总氮的问题，这两个指标完全依靠微生物进行去除，并且这类微生物的生存能力较差，对环境的敏感度较高，一旦出现进水异常，通常会直接影响到氮族元素的去除效果，同时由于这类微生物在活性污泥系统内所占的数量比例低，恢复增长较慢，在一些特殊的环境条件下，比如冬季低温，夏季雨水汇入污水厂等情况下，对这类微生物的生长速度更产生不利影响。因此很多受季节影响比较大的地区的污水厂就会发现在冬季出现异常进水影响到硝化系统以后，整个系统在整个冬季都会处于带病运行状态，直到来年温度回升，活性污泥系统才会重新建立硝化系统，这也说明了在环境条件恶劣的情况下，仅仅依靠微生物自身的繁殖生长是很难恢复到系统处理要求的。这就需要额外的补充有效的微生物来满足系统处理指标的需求。

市场上是能够购买到专性的硝化菌的，对于硝化菌也有适宜低温下的菌种，这些菌种价格不菲，在极端情况下污水厂可以考虑购买这些菌种加快活性污泥系统内的硝化菌群落的恢复。由于污水厂缺少对菌种的检测手段，硝化菌是细菌，依靠光学显微镜是无法观测到的，检测菌种本身是否具备足够的硝化恢复能力需要在污水厂的实验室内进行，在采购菌种药剂前一定要和菌种提供厂家咨询菌种的使用方法，投加后的使用效果等。菌种到厂后，一定要在实验室和厂内进水，厂内生物池内活性污泥按照厂家提供的比例进行实验室的配比投加后定性检测硝化速率效果。特别是对系统内受损的活性污泥和按比例投加菌种的活性污泥进行硝化速率对比后确定厂内活性污泥内是否还存有抑制硝化菌种生存的物质，硝化速率是否能因为投加菌种而得到改善的情况。如果定性检测发现没有发生明显改善，一定要谨慎投加，首先应尽快进行污水厂内活性污泥的脱泥置换工作后，再进行菌种的投加，这样可以避免硝化菌种投加后，继续受到抑制，而导致菌种投加的效果无法显现出来，造成经济上的浪费。

菌种的投加一定要认真咨询菌种厂家的投加建议，由于菌种价格偏高，多数污水厂没有足够的能力完全投加够菌种厂家建议的数量，由于数量不足，对系统的恢复并不能起到快速的促进作用。受到进水异常抑制的污水厂，特别是硝化系统完全崩溃的污水厂，重新启动系统的微生物菌种的数量是很大的，如果没有一次性投加够足够的数量，菌种的投加就不能作为重建系统的作用来对待，仅仅起到接种的作用。只是利用菌种的接种作用话，从经济比选上，菌种的价格是远远高于拉运的活性污泥的价格的，这样低量投加的恢复效果远不如拉运状态良好的污水厂的活性污泥。污水厂要根据自身经济条件的许可，决定是否采用菌种投加来重建污水厂的硝化系统。

菌种的投加要选择生物池内有针对性的功能区域，投加的硝化菌种，硝化菌对溶解氧的要求较高，应投加到生物吃的好氧区域内，好氧区域也应在好氧的中后段部位投加，这样可以避免好氧前段异养菌快速吸附降解进水中的有机物大量消耗溶解氧所呈现出来的低氧状态，在这种低氧状态下，硝化菌种是难以释放其硝化作用的，因此需要合理的选择生物池的投加点位，这样才能得到良好的菌种活化激活作用。

菌种投加后，进入到系统内，受到系统内推流系统的影响，会经过多次循环后，才能完整的活化释放硝化功能，因此投加菌种后，需要进行一段时间的运行后，才能得到硝化效果的显现，整个功能释放的时间可以根据厂家的建议来确定，并根据这个时间来评估能否满足污水厂的达标时间的需求，总的来说，污水厂内的活性污泥中的微生物的数量是充足的，多数微生物都大量存在着，当一些功能性微生物不能发挥作用，并不是很精准的将这些微生物毒杀掉了，而是进水中的部分有毒有害物质对这些菌种起到了抑制作用，导致了这些微生物在一定条件下处于功能抑制的状态，所以投加菌种并不是重新培养这种微生物，在水中原有的有毒害物质的影响进一步消弱以后，活性污泥中的原有的功能性微生物就会重新获得活力，开始稳步地发挥作用，因此投加菌种这种消耗大量资金的方式，非在特殊情况下，比如断面指标压力巨大，环境影响恶劣等，特别是在市政污水厂，不一定要进行。污水厂运行人员可以根据自身的实际运行情况来选择是否采用。