在一级反渗透中加碱使用较少。在反渗透进水中注入碱液用来提高 pH。一般使用的碱剂只有氢氧化钠（ NaOH ），购买方便，而且易溶于水。 一般不含其他添加剂的工业级氢氧化钠便可满足需要。商品氢氧化钠有 100％的片碱，也有 20％和 50％的液碱。在加碱调高pH 时一定要注意， pH 升高会增加 LSI、降低碳酸钙及铁和锰的溶解度。最常见的加碱应用是二级 RO 系统。在二级反渗透系统中，一级 RO产水供给二级 RO作为原水。二级反渗透对一级反渗透产水进行“抛光”处理，二级 RO 产水的水质可达到 4 兆欧。
在二级 RO 进水中加碱有4 个原因：
a．在 pH8.2 以上，二氧化碳全部转化为碳酸根离子，碳酸根离子可以被反渗透脱除。而二氧化碳本身是一种气体，会随透过液自由进入RO产水，对于下游的离子交换床抛光处理造成不当的负荷。
b．某些 TOC 成分在高 pH 下更容易脱除。
c．二氧化硅的溶解度和脱除率在高 pH下更高（特别是高于9 时）。
d．硼的脱除率在高pH下也较高（特别是高于9时）。加碱应用有一个特例，通常被叫做 HERO（高效反渗透系统）过程，将进水pH调到9或10。一级反渗透用来处理苦咸水，苦咸水在高 pH 下会有污染问题 （比如硬度、 碱度、铁、锰等）。
预处理通常采用弱酸性阳离子树脂系统 和脱气装置来除去这些污染物。
