自然培菌也称直接培菌法。它是利用污水中原有的少量微生物，逐步繁殖的培养过程。城市污水和一些营养成分较全、毒性小的工业污水，如食品厂、肉类加工厂污水，可以考虑这种培养方法。

由于自然培菌法是用污水直接培养活性污泥，其培菌过程也是微生物逐步适应污性质并获得驯化的过程，培养时间相对较长。自然培菌又可分为间歇培菌和连续培菌二种

(1)间歇培菌

将曝气池注满污水，进行闷曝(即只曝气而不进污水)，数天后停止曝气，静置沉淀1h然后排出池内约1/5并相同量新鲜污水。如此反复进行闷曝、静沉和进水三个过程，但每次的进水量要比上次有所增加，而闷曝时间要比上次缩短。在春秋季节，约二三周就可初步培养出污泥。

当曝气池混合液污泥浓度达到1g/L左右时，就可连续进和曝气。由于培养初期污泥浓度较低，沉淀池内积累的污泥也较少，回流量也要少一些，此后随着污泥量的增多，回流污泥量也要相应增加。

当污泥浓度达到工艺所需的浓度后，即可开始正常运行，按工艺要求进行控制。

(2)连续培菌

连续培养法是使污水直接通过活性污泥系统的曝气池和二沉池，连续进水和出水;二沉池不排放剩余污泥，全部回流曝气池，直到混合液的污泥浓度达到设计值为止的方法。具体做法有:①低负荷连续培养;②高负荷连续培养;③接种培养。

接种培菌法的培养时间较短，是常用的活性污泥培菌方法，适用于大部分工业污水处理厂。城市污水厂如附近有种泥，也可采用此法，以缩短培养时间。接种培养法常用的有浓缩污泥接种培菌、干污泥接种培菌。

(1)浓缩污泥接种培菌

采用污水处理厂的浓缩污泥作菌种(种泥或种污泥)来培养。城市污水和营养齐全、毒性低的工业污水处理系统的活性污泥培养，可直接在所要处理的污水中加人种泥进行曝气，直至污泥转棕黄色时就可连续进污水(进水量应逐渐增加)，此时沉淀池也投入运行，让污泥在系统内循环。

为了加快培养进程，可在培养过程中投加粪便或其他营养物，活性污泥浓度达到工艺要求值即完成了培菌过程。

对有毒工业污水进行培菌时，可先向曝气池引入自来水，然后投入种污泥和粪便进行曝气，直至污泥呈棕黄色后停止曝气，让污泥沉降并排掉一部分上清液，再次补充一定量的粪便继续曝气，待污泥量明显增加后，逐步提高污水流量。到培菌的后期，污泥中微生物就能较好地适应工业污水。

(2)干污泥接种培菌

干污泥通常是指经过脱水机脱水后的泥饼，其含水率约为

70%~80%。干污泥接种培菌的过程与浓缩污泥培菌法基本相同。接种污泥要先用刚脱水不久的新鲜泥饼，投加至曝气泄前需加少量水并捣成泥浆。干污泥的投加量一般为池容积的2%~5%。

干污泥中可能含有一定浓度的化学药剂(用于污泥调理)，如药剂含量过高、毒性较大则不宜用作为培菌的种泥。

鉴定污泥能否作接种用，可将少量泥块捣碎后放入小容器(如杯或塑料桶)内加水曝气，经过一段时间后如果泥色能转黄，就可用于接种。